最近在做一個網站，網站必不可少的當然是數據庫。現在可能生物領域的數據庫還比較少。。。所以我在CSDN找了很多的資料結果還是不盡如人意。于是乎，我就想到了python里極為強大的一個分子生物學庫：biopython。嘿，真別說，官方中文文檔里還真出現了這么一個東西----BioSQL。
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因為BioSQL是需要基于其他數據庫來運行，這里我們以MySQL為例
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首先，傳統藝能，打開終端，輸入以下命令行創建數據庫：
mysqladmin -u root -p create 數據庫名稱
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然后，我們可以告訴MySQL加載上面下載的BioSQL，從解壓縮的BioSQL下載更改到腳本子目錄：
mysql -u root -p bioseqdb < 數據庫名稱-mysql.sql
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接下來，到Tests/setup_BioSQL.py路徑下的這個文件中來，開始配置數據庫參數～
DBDRIVER = "mysql.connector"? ??? # 數據庫驅動器名稱
DBTYPE = "mysql"? ? ? ? ? ?# 數據庫類型
DBHOST = "localhost"? ? ? ? # 數據庫主機
DBUSER = "root"? ? ? ? ? ? ? # 數據庫用戶名
DBPASSWD = "your-password"? ? ? # 數據庫密碼
TESTDB = "biosql_test"? ? ? ? # 測試數據庫
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之后，你就可以先測試一下～
python run_tests.py test_BioSQL test_BioSQL_SeqIO
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子數據庫的創建；
from BioSQL import BioSeqDatabase

server = BioSeqDatabase.open_database(
? ? driver="mysql.connector",
? ? user="root",
? ? passwd="your-password",
? ? host="localhost",
? ? db="bioseqdb",
)
db = server.new_database("orchids", description="Just for testing")
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數據庫的加載：
from BioSQL import BioSeqDatabase

server = BioSeqDatabase.open_database(
? ? driver="mysql.connector",
? ? user="root",
? ? passwd="your-password",
? ? host="localhost",
? ? db="bioseqdb",
)
db = server[子庫名稱]
db.load
server.commit()
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這個教程大概是國內網上能找到為數不多的之一，因為中文官方文檔里沒有，我又用神秘的方法找遍了各種英文資料，才找到的然后翻譯過來。因為BioSQL支持所有的biopython類型，而biopython幾乎包下了python屆分子生物學半邊天的感覺??所以直接用BioSQL真的挺方便的，而且biopython里還有重復計數這么一說～還能順便降低服務器存儲成本～