繼上篇帖子
http://www.sofreetech.com/question/25230?
里寫的獎(jiǎng)?lì)A(yù)測(cè)的模型用3D打印機(jī)打印出來(lái)，而這其中就涉及到格式轉(zhuǎn)換的問(wèn)題，但據(jù)我所知貌似沒(méi)有專門的轉(zhuǎn)換工具，所以需要用編程實(shí)現(xiàn)。而用編程實(shí)現(xiàn)的兩個(gè)基礎(chǔ)就是要知道待轉(zhuǎn)換格式的數(shù)據(jù)框架和轉(zhuǎn)換格式的數(shù)據(jù)框架分別是什么，之后再想解決方案。
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PDB文件部分：
首先我百度了一下，發(fā)現(xiàn)網(wǎng)上給的資料并不多，有些給出的則是比較籠統(tǒng)的解釋，并沒(méi)有針對(duì)某個(gè)實(shí)例。這是找到的資料：
https://blog.sciencenet.cn/blog-548663-895916.html
于是我就想通過(guò)某種方式打開這個(gè)文件并輸出到txt上。受以前繪制發(fā)育樹貼：
http://www.sofreetech.com/question/24154
的啟發(fā)，我發(fā)現(xiàn)雖然biopython要求的是Newick格式，但是把形如Newick的數(shù)據(jù)框架放在txt中同樣能輸出結(jié)果，我就想到既然能夠直接用txt讀取，那為什么不能試試以txt的形式打開呢，于是我打開VScode，寫了這一段Python腳本：


輸出結(jié)果發(fā)現(xiàn)竟然成功了：


于是我又寫了下面一段腳本將結(jié)果輸出到txt中以方便觀察：


輸出結(jié)果：


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首先根據(jù)我目前已有的生物和化學(xué)知識(shí)可以直接看出：
第一列代表的是微粒類型，ATOM代表原子，TER代表殘基
第二列很明顯是微粒編號(hào)
第三列嘛。。。不知道，先跳過(guò)去，一會(huì)再看
第四列，氨基酸名稱，并且是三字母縮寫
第五列，不知道，先跳過(guò)
第六列，一看和氨基酸名稱的分布相同，并且有向下標(biāo)序號(hào)的感覺(jué)，所以猜是氨基酸序列編號(hào)
之后看到后面有5列數(shù)，其中第3列仿佛和第4列有些分開，所以我猜7，8，9列是一組數(shù)據(jù)，10，11列是另一種或兩種數(shù)據(jù)。我又看了看7，8，9列都有負(fù)有正，況且pdb文件中肯定要有表示位置的數(shù)據(jù)，所以我猜測(cè)7，8，9列分別代表著x，y，z坐標(biāo)。至于10，11列是什么不知道，也先跳過(guò)
最后一列，我一看都是字母，而且大多是CHON，所以是元素符號(hào)
之后我就查閱了資料，說(shuō)第三列是原子名稱，第五列是肽鏈名，第11列是占有率，第12列是溫度因子
通過(guò)我的感覺(jué)以及不斷嘗試，我發(fā)現(xiàn)第3列是帶著位置信息的原子名稱，規(guī)則如下：
第三列表示原子在中心碳或R基的位置

肽鍵上的原子直接寫元素名稱即可
字符第一位為元素名稱

第二位為從中心碳開始到遠(yuǎn)中心碳端的距離（從B~Y，不包括C,G）
當(dāng)R基上存在苯環(huán)時(shí)，連接苯環(huán)的近中心碳端字符第二位為G；該位置的對(duì)位碳位置字符第二位則為Z；兩臨位碳字符第二位按照順序向下標(biāo)，并在第三位分別加上1和2以區(qū)分兩個(gè)臨位碳；兩對(duì)位碳的標(biāo)注方法與臨位碳相同

若出現(xiàn)4位的情況，則說(shuō)明R基上有支鏈，此時(shí)第3位代表的是主鏈或支鏈，第4位則代表的才是各個(gè)氫原子。
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emmmm這么說(shuō)可能比較抽象，我舉幾個(gè)例子吧：
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甘氨酸：




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亮氨酸：




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苯丙氨酸：


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STL文件部分：
根據(jù)我當(dāng)時(shí)在清華做項(xiàng)目的那段時(shí)間教授跟我說(shuō)的，STL有明碼形式和二進(jìn)制形式，它會(huì)將表面用三角來(lái)代替以方便打印。但是這執(zhí)導(dǎo)的信息太少了，于是，我一去問(wèn)了一下度娘：

二進(jìn)制STL文件用固定的字節(jié)數(shù)來(lái)給出三角面片的幾何信息。
文件起始的80個(gè)字節(jié)是文件頭，用于存貯文件名；
緊接著用 4 個(gè)字節(jié)的整數(shù)來(lái)描述模型的三角面片個(gè)數(shù)，
后面逐個(gè)給出每個(gè)三角面片的幾何信息。每個(gè)三角面片占用固定的50個(gè)字節(jié)，依次是:
3個(gè)4字節(jié)浮點(diǎn)數(shù)(角面片的法矢量)
3個(gè)4字節(jié)浮點(diǎn)數(shù)(1個(gè)頂點(diǎn)的坐標(biāo))
3個(gè)4字節(jié)浮點(diǎn)數(shù)(2個(gè)頂點(diǎn)的坐標(biāo))
3個(gè)4字節(jié)浮點(diǎn)數(shù)(3個(gè)頂點(diǎn)的坐標(biāo))個(gè)
三角面片的最后2個(gè)字節(jié)用來(lái)描述三角面片的屬性信息。
一個(gè)完整二進(jìn)制STL文件的大小為三角形面片數(shù)乘以 50再加上84個(gè)字節(jié)。
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UINT8//Header//文件頭
UINT32//Numberoftriangles//三角面片數(shù)量
//foreachtriangle（每個(gè)三角面片中）
REAL32[3]//Normalvector//法線矢量
REAL32[3]//Vertex1//頂點(diǎn)1坐標(biāo)
REAL32[3]//Vertex2//頂點(diǎn)2坐標(biāo)
REAL32[3]//Vertex3//頂點(diǎn)3坐標(biāo)
UINT16//Attributebytecountend//文件屬性統(tǒng)計(jì)
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嘿嘿，謝謝度娘（doge