
關于同一樣本不同檢測套餐結果不一致的反饋說明
內個,首先感謝wegene贈送了兩個套餐,一個標準套餐,一個運動基因套餐。(唔。。。剛才去看了一下,發現運動套餐現在不賣了?)。由于當時沒看清以為只送了一個,所以兩個套餐我都是用在了自己身上。不過也因此,發現兩次檢測的結果不一致:運動基因套餐里面的54個位點,其中有3個與標準套餐不一致。
咳。。。其實呢,拿到數據之后,早就想好好看一下玩一下,一直懶,也就一直放著沒管。。。然后呢,今天不是推出個微健身的活動嘛,填申請表的時候讓我選擇用哪個樣本數據,一開始想,反正都是我嘛,用哪個不一樣呢?然后想起來,啊,好像還沒有比較過這兩次檢測結果是否一致呢。雖然覺得應該沒什么問題,但還是嚴謹一點,先比較一下看看嘛。
藍而,這一比,還真發現不一致了:
上圖是運動基因套餐的概覽,下圖是標準套餐的運動基因概覽。其中有兩項得分不一致。
?
于是打開細節頁面去看,發現運動積極性不一致的原因是rs8097348位點一個檢測結果是AG,一個是AA;而代謝效率不一致的原因是rs8192678位點一個是TT一個是TC。
唔。。。
于是又把兩次檢測的原始數據拿出來,把53個共有位點都比對了一下(運動基因套餐有54個位點,藍而其中rs28399444位點并沒有在標準套餐數據里面找到。另外,搜索snpedia,發現這個點ms沒有啥意義?http://www.snpedia.com/index.php/Rs28399444,解讀界面里面也沒有這個點的解釋。),嗯,發現有3個位點的結果都是不一致的:
chr pos 運動套餐 60W位點套餐
rs28399444 19 41354190 TT -
rs8097348 18 1595021 AG AA
rs8192678 4 23815662 TT TC
rs10485057 6 154413255 GA AA
其中位點rs10485057在解讀界面也沒有。。。
又一個沒解讀的位點?話說不應該 啊,芯片那么多位點,多放幾個少放幾個沒啥影響,運動基因不是用質譜做的嗎?質譜每個位點都有成本的啊,不解讀的話測它干啥子哦。。。啊,不行還是抑制不住好奇心,于是把有解讀的位點都copy出來看一下。嗯,54個位點里面總共有28個位點是有解讀和參考文獻的。。。所以。。。那剩下的26個是干啥子的哦。。。看上去也不像是內參位點啊。。。質譜多做一個沒意義的位點好像要浪費不少成本呢。。。
不過位點利用率倒是、蠻高的,好多位點都可以用于多個解釋:
?
嘛,所以,主要是兩個問題:
一個是,這3個位點不一致是什么原因造成的?雖然說不同技術檢測,甚至不同人員不同時間檢測都可能有一些不一致,藍而3/53的不一致率,貌似還是有點過高了。希望能幫忙核查一下,看看樣本記錄是否有問題(感覺應該不是樣本弄混),如果下機數據還在的話,看看下機數據,堿基判定閾值是否模糊或者有什么情況。
另一個是,記得運動基因套餐當時是說按照《sport gene》這本書挑選的位點,按理說測的應該都有比較好的解讀才對,藍而眾多位點并沒有包括在解讀中。所以呢,作為一個有著強烈好奇心的產品經理,對這個產品的開發有那么一點點好奇,有沒有啥我不了解的原因導致選了這些位點,卻沒有進行解讀呢?當然,這個問題也不那么重要啦。
?
作為wegene的免費體驗用戶,一直受著wegene的饋贈,(還給我寄過一箱辣條,感動的嘩嘩的),藍而懶,一直沒有好好的來體驗這個產品也沒有提一些有用的建議。但其實還是一直很看好wegene,希望wegene能做的越來越好的。這次挑了一點bug,不是來踢館的,主要還是希望能幫wegene找到一些不足的地方,是不是堿基識讀還可以優化啦之類的。有則改之,無則過來罵我一頓不懂瞎說就行。
就是這樣。
愿wegene一統江湖。
咳。。。其實呢,拿到數據之后,早就想好好看一下玩一下,一直懶,也就一直放著沒管。。。然后呢,今天不是推出個微健身的活動嘛,填申請表的時候讓我選擇用哪個樣本數據,一開始想,反正都是我嘛,用哪個不一樣呢?然后想起來,啊,好像還沒有比較過這兩次檢測結果是否一致呢。雖然覺得應該沒什么問題,但還是嚴謹一點,先比較一下看看嘛。
藍而,這一比,還真發現不一致了:
上圖是運動基因套餐的概覽,下圖是標準套餐的運動基因概覽。其中有兩項得分不一致。
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于是打開細節頁面去看,發現運動積極性不一致的原因是rs8097348位點一個檢測結果是AG,一個是AA;而代謝效率不一致的原因是rs8192678位點一個是TT一個是TC。
唔。。。
于是又把兩次檢測的原始數據拿出來,把53個共有位點都比對了一下(運動基因套餐有54個位點,藍而其中rs28399444位點并沒有在標準套餐數據里面找到。另外,搜索snpedia,發現這個點ms沒有啥意義?http://www.snpedia.com/index.php/Rs28399444,解讀界面里面也沒有這個點的解釋。),嗯,發現有3個位點的結果都是不一致的:
chr pos 運動套餐 60W位點套餐
rs28399444 19 41354190 TT -
rs8097348 18 1595021 AG AA
rs8192678 4 23815662 TT TC
rs10485057 6 154413255 GA AA
其中位點rs10485057在解讀界面也沒有。。。
又一個沒解讀的位點?話說不應該 啊,芯片那么多位點,多放幾個少放幾個沒啥影響,運動基因不是用質譜做的嗎?質譜每個位點都有成本的啊,不解讀的話測它干啥子哦。。。啊,不行還是抑制不住好奇心,于是把有解讀的位點都copy出來看一下。嗯,54個位點里面總共有28個位點是有解讀和參考文獻的。。。所以。。。那剩下的26個是干啥子的哦。。。看上去也不像是內參位點啊。。。質譜多做一個沒意義的位點好像要浪費不少成本呢。。。
不過位點利用率倒是、蠻高的,好多位點都可以用于多個解釋:
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嘛,所以,主要是兩個問題:
一個是,這3個位點不一致是什么原因造成的?雖然說不同技術檢測,甚至不同人員不同時間檢測都可能有一些不一致,藍而3/53的不一致率,貌似還是有點過高了。希望能幫忙核查一下,看看樣本記錄是否有問題(感覺應該不是樣本弄混),如果下機數據還在的話,看看下機數據,堿基判定閾值是否模糊或者有什么情況。
另一個是,記得運動基因套餐當時是說按照《sport gene》這本書挑選的位點,按理說測的應該都有比較好的解讀才對,藍而眾多位點并沒有包括在解讀中。所以呢,作為一個有著強烈好奇心的產品經理,對這個產品的開發有那么一點點好奇,有沒有啥我不了解的原因導致選了這些位點,卻沒有進行解讀呢?當然,這個問題也不那么重要啦。
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作為wegene的免費體驗用戶,一直受著wegene的饋贈,(還給我寄過一箱辣條,感動的嘩嘩的),藍而懶,一直沒有好好的來體驗這個產品也沒有提一些有用的建議。但其實還是一直很看好wegene,希望wegene能做的越來越好的。這次挑了一點bug,不是來踢館的,主要還是希望能幫wegene找到一些不足的地方,是不是堿基識讀還可以優化啦之類的。有則改之,無則過來罵我一頓不懂瞎說就行。
就是這樣。
愿wegene一統江湖。
3 個回復
此外,你到的4個位點:
rs28399444,因為mapping/clustering的錯誤,已經從dbsnp里面刪除了,所以沒有再檢測(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/snp_ref.cgi?searchType=adhoc_search&type=rs&rs=rs28399444)?
rs8097348,質控表現不穩定,目前還在繼續監控,暫時沒有向新用戶提供這個位點的結果,同時也沒有更新老用戶的數據。
rs8192678和rs10485057還不錯,在我們的標準樣品中的表現還是比較穩定的。
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感謝對WeGene的支持,祝好!
贊同來自: 費力科思 、wang 、山勞之首
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照我們的計劃,運動基因檢測并不提供原始數據下載的。不過,運維出了點紕漏,在過去的很長時間里都開放了運動基因檢測的原始數據下載,但好像只有LZ發現了~~~
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為什么有54個位點:運動基因檢測,加上減肥相關的解讀,涉及到30多個SNP。一個質譜反應一般是25~30個SNP,所以我們要做兩個反應,索性就增加到了50多個SNP。多出來的一些位點是跟心臟等有關的。
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rs28399444:這個位點已經被dbsnp刪除了,所以芯片里面沒有了,詳見:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/snp_ref.cgi?searchType=adhoc_search&type=rs&rs=rs28399444
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rs8097348:LZ的芯片數據最早交付的一批。早期芯片數據因為樣品量不夠,我們的經驗也不足,沒有根據官方建議的best practice做大規模樣品的質控。根據現在SNP calling結果質控,這個位點的探針表現不穩定,我們還在持續監控觀察。近期交付的raw data中暫時沒有交付這個位點的結果。
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rs8192678和rs10485057兩個位點的質控表現正常。我們最近在藥明康德檢測的同一批樣品的30X WGS數據,和我們自己的芯片結果比較來看,這兩個位點的質控結果正常。這里的差異有可能是技術本身的差異,也有可能是早期SNP Calling流程的不足。我們會在未來的raw data更新中進行優化。
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謝謝LZ一直以來的支持!辣條會有的,fitbit手環可能也會有的,謝謝!
贊同來自: wang 、lily 、山勞之首
可惜我現在才看到。
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測試有點小貴,才剛了解你們網站,不知道靠不靠譜…看了bbc那個鍛煉的紀錄片轉到這兒來的。
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