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含蓄的GBA3基因
父系單倍群N
Y-N祖源話題
y-N祖源話題群(y-N尋宗平臺),Q群聊號碼:892272659”←不水的Y-N群,歡迎
2019-01-26 ? IP屬地未獲取
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興奮的DMD基因
具體的上樹情況群主都不知道,那我也不說了。
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2019-04-28 ? IP屬地中國 ?
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興奮的DMD基因
您知道就好
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2019-04-28 ? IP屬地中國 ?
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興奮的DMD基因
不測就不測沒關系,但有些人測完不上樹?
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2019-04-27 ? IP屬地中國 ?
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含蓄的GBA3基因
謝謝
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2019-04-21 ? IP屬地未獲取 ?
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含蓄的GBA3基因
大全了
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2019-04-20 ? IP屬地未獲取 ?
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深情的GRID2基因
我是n1c開頭的單倍群,請問這個常見于哪些地區呢
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2019-04-19 ? IP屬地蘇州 ?
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含蓄的GBA3基因
盡管這些不確定性,我們的計算意味著,N1和N2有支系已經進入最后階段
的舊石器時代,不久后第一次分歧的N.另一方面,值得注意的幾個亞類型擴
散僅在幾千年之前,像N1a1F1154(其中絕大部分是N1a1a1M128和分發在
漢族人),其中分流~5基亞在新石器時代晚期,以及N1b1a1aF3271(這里主
要是Buriyad和幾個樣品還在Bargud和漢族人),其中只有2~基亞,可能
反映了Buriyad在中國歷史上強大的瓶頸處分道揚鑣。
討論
討論
復發性突變的LLY22g
單核苷酸多態性LLY22g(C/C>c/A)其中定義前單倍型類群N1不是基因型
在這項研究的所有樣品。這兩個基因位點(chrY:24270184和24578321hg19)
位于文數P3的ampliconic地區,2高度類似副本
第35、36。所述前18,雖然
多數N樣品在LLY22g上顯示c/A基因型,我們發現三種基因型、C/C、
c/A,A/里面N2F2930分支。因此,我們建議LLY22gC/C>c/A發生的
N1和N2,分裂之前已經和內單倍型類群NC/C基因型由反向突變,或者說
可能引起之間兩個LLY22g基因,因為經常性的denovo突變很少發現人類
Y染色體歷史底蘊的基因轉換。所有我們基因型屬于N2a1*-F1883(xF846)分
支幾個C/C個人。另一方面,那里是沒有經常性的LLY22gC/C>c/A突變
事件報道外單倍型類群;此外,LLY22ga/a基因型N2bF2569分支里面也大大
有利于轉換理論。所以我們認為LLY22gC/C>c/A突變就等于M231,和下
游轉換事件引起復發性C或/等位基因,而我們不能排除發現更多的經常性
事件,在單倍型類群;同一案件還找單核苷酸多態性P25里面R1b分支,對Y染色體37ampliconicAZFc地區有3份。因此,由于LLY22g易復發,我
們從單倍型類群N發展史中刪除此單核苷酸多態性,并沒有進一步的基因分
型的LLY22g在這項研究。
在AZFc部分缺失
一直觀察單倍型類群N個人在Y染色體38的AZFc區b2/b3刪除(約1.8
Mb刪除,包括軌跡sY1191)。在研究中,33只雄性的單倍型類群N131(即
M231+、LLY22g+)發現載b2/b3刪除和其他2遭受完整AZFc刪除和患
有不孕癥。以及,所有四個N*(即M231+,
LLY22g-)男性有b2/b3刪除。為了進一步確認是否所有的血統
單倍型類群N攜帶b2/b3刪除,即是否已經在分裂之前發生此刪除
N1F1206和N2F2930,我們測試的存在的基因位點sY1191(顯示b2/b3刪
除)和sY1291(顯示gr/gr刪除)在樣品的大多數分支我們在本文中確認。(圖
4)結果清楚地表明,從N1和N2的亞類型的所有樣本都缺乏sY1191軌
跡,指示b2/b3刪除已經由N1F1206和N2-F2930的最近共同祖先,以及
應由所有的個人的單倍型類群;繼承
結論
幾乎所有樣品北到中國都屬于幾個下游分支的N1-F1206,和中國包含多樣性
指數最高的單倍型類群N和所有檢測到的深的分支,以及那單倍型類群N
的至親——單倍型類群O棲息也主要在東亞和東南亞地區,我們建議單倍
型類群N首先分流以來中國當前范圍內的舊石器時代晚期。新發現的單核苷
酸多態性通過高通量測序成為強大的工具,更好地了解單倍型類群N,并將提
供早期人口歷史的漢藏語系、阿爾泰語系、烏拉爾人口的重要信息。
表1計算聚結倍的單倍型類群N和其亞類型
進化枝
人口
聚結
時間(千年)
線性校準
(千年)
NM231
主要是漢族和蒙古族
9.8±6.2
15.8±10.0
N1-F2130
主要是漢族和蒙古族
8.4±5.0
13.5±8.1
N1a1-F1154
主要漢
3.1±4.1
5.0±6.6
N1b1M178
漢族和蒙古族
7.8±8.0
12.6±12.9
N1b1a1a-F3271
主要是蒙古
1.2±1.5
1.9±2.4
N2F2930
主要漢
6.7±4.4
10.8±7.1
N2a1F1833
主要漢
5.1±4.2
9.2±6.8
N2bF2569
7.0±3.0
11.2±4.8
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2019-04-18 ? IP屬地未獲取 ?
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含蓄的GBA3基因
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在AZFc部分缺失
使用sY1201,sY1191的多重PCR檢測到部分缺失的AZFc(顯示b2/b3刪
除),sY1291(顯示gr/gr刪除),和sY1161。引物的序列和PCR條件遵循以
前的研究20.
結果
結果
使用33雙等位基因標記,包含一些個人的16不同單被發現里面單倍型類群
N(圖1)。雖然513樣品被歸類為單倍型類群N在先前的基因分型,保存時
間長,由于成員只有440被成功基因型為下游snp位點。前N1定義單核苷
酸多態性LLY22g免去由于復發性突變事件(見討論)的系統進化樹。所有的
基因型的樣品被歸類為N1F1206或N2-F2930,雖然沒有N*(xF1206,F2930)
樣品被發現。所有新的N1F1206分支,分別更名為N1a1a1,N1a2和N1b
內,發現的三個前身主要亞類型——N1aM128,N1b-P43和N1cM46。
M128現在是位于下游到新發現的snp位點F3163(這也是上游到P43),
F1154和F2759。現在可以進一步澄清以前知名分支M46+下游結構(或達
+)。M46沒有+M178樣品被發現在這項研究,F3331、F1419或F4325,
F3271,和F2288(按順序從上到下游)每個可以獨立一些樣品。
因為所有N樣本可都分為N1F1206和N2F2930,(圖2),在地圖上繪制的
兩個分支分布,我們發現一個明顯的趨勢,N1是更多在北方和南方的N2。
所有的基因型N的蒙古語,人群中屬于N1F1206分支,具體來說,N1b1a
F1419屬性到呼倫貝爾Buriyad整個人口的60%。另一方面,N的南部組,
主要是藏緬語(Bodic、羌語支、嘉絨、土家族、Mishmi和Tani)和泰-侗臺(莊)人口中的絕大多數屬于N2F2930分支。講中國的漢族和回族表明中
間的圖案,N1和N2個,N1下降從北到南,N2反之亦然一般梯度的地區
而異。
我們與眾多文獻(SI表2)4-7,12,13,21-29,這項研究的基因分型結果比較并檢查N
(圖3)的分布。因為有沒有基因分型的單核苷酸多態性N1a1a1M128、
N1a2-P43,以及N1bM46可用文獻中,我們使用三個亞類型的頻率的總和作
為N1F1206的最小值。我們發現在這數據研究,北/南與N1的趨勢/N2
仍然清晰。許多人口北至中國,包括通古斯、烏拉爾、斯拉夫、波羅的海
的人口,以及講群體(圖瓦、雅庫特),表明,幾乎所有的N屬于N1bM46
或N1a2-P43,因此根據N1-F1206,而南部的族群,像Lolo緬甸講彝族、
拉祜族并未出現的三個分支,一些突厥,可能與高頻率的N2F2930相關(一
個在這項研究的彝族樣品進行了檢測,被測出N2a1F1833)。
從STR數據(SI表3),我們可以估計單倍型類群N在有關人口的亞類型的
聚結時間。已經有長期的辯論持續了超過10年的STR突變率應該用于時間
估計在歷史30,31,盡管這,我們在這里構成我們時間估計,至少要顯示其相對
年齡(表1)讀者的引用。每個分支的年齡計算的平均STR基于時間平均的
STR值(假設為祖先節點)和使用每個現代成員之間
斯拉特金的方法和父親兒子雙Y染色體STR突變率32-34和日期進行了線性
刻度15.8基亞(幾千年前),取得了從高通量測序的Y染色體18N1F1206和
N2F2930發散時間。我們都知道一個分支的估計平均愈合時間為采樣的人
口,而不是分歧日期的整個分支和前的時間可以比后者小得多。更令人信服的
日期估計必須作出后未來高通量測序的單倍型類群;更多的人
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2019-04-17 ? IP屬地未獲取 ?
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含蓄的GBA3基因
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在東歐和歐亞大陸北部,Y染色體單倍型類群N-M231可能理解阿爾泰語
系、烏拉爾和漢藏語系人群的早期發展的關鍵。從古代DNA的研究,單倍
型類群N出現最頻繁的分支,在中國2,在長城沿線的新石器時代晚期文化之
一和因此可能是杰出的游牧民族的草原,像匈奴、鮮卑、突厥(突厥)和回
鶻文的主要組成部分(鶻)。如今,這個單倍型類群是廣泛分布在歐亞大陸,從
東南亞到歐洲北部3大范圍。最高頻率在發現了幾個烏拉爾、印歐語系和阿爾
泰說西伯利亞和東歐國家,如芬蘭(42——71%),波羅的海國家的人口(42-
44%),俄羅斯(6——54%)和雅庫特(79——100%),以及幾個漢藏為母語
的人口上的東南緣,青藏高原,像彝族(11——
32%)和珞巴族(35%)414.單倍型類群N也分散在較低的頻率,在很多其他
阿爾泰語民族群體(0-20%),以及漢族(2——9%)15和西藏(2-15%)
16.
許多研究已表明的亞類型NM178和N-P43(N1c1和N1b,根據YCC2008
棵樹17),這在歐洲很流行。從這些研究、Rootsi等人建議單倍型類群N與
起源于中國,逆時針路線和串行瓶頸在西伯利亞和東歐3二次擴張。然而,直
到現在,知少單倍型類群N深分支,幾個snp位點是可利用的基因分型,這
么多樣品的單倍型類群N只可列為N*-M231(xM128,P43,M46)或N1*-
LLY22g(xM128,P43,M46),最位于中國境內。因此,上游發展史的單倍型類群
N調查將為中國的早期歷史以及歐亞草原和東歐的內容非常豐富。
單倍型類群N(包括屬于paragroupN*-M231(xM128,P43,M46)),超過300新
單核苷酸多態性(與"F"作為前綴)的幾個人被發現了,新的系統發育樹,繪制
的18,測序樣品的最近共同祖先在過時在15.8基亞(95%ci:13.8-18.0)。
為了更好地理解譜學、地理分布,以及整個的單倍型類群N,在此研究中,我們
對這單倍型類群從34中國漢族人群中選定33個snp位點與樣本超過400。
方法
方法
樣本采集
在此研究中,血液或34中國漢族人群中頰拭子樣本采集,包括SinoTibetan
講漢、回族(講中文的種族集團與中亞和西亞的混合物)、藏族、夏爾巴
人、M?
npa、鄧、珞巴族、嘉絨、全、穆亞、羌族和土家族;
講阿爾泰語系的蒙古人。和泰侗臺講莊,總共有超過6,900樣品
(圖1)。采樣是在復旦大學生物研究倫理委員會的批準下簽署的樣品捐贈者的
知情同意。
基因分型
DNA的上述提到男性樣本首先提取,并進行了測試與單核苷酸多態性
M231,然后這些樣品與派生等位基因(n=513)進一步的基因在這項研究。33
選單核苷酸多態性基因型在3個小組,使用快照多重工具包(ABI,卡爾斯巴
德,加利福尼亞州,美國)19與為擴增引物的延伸引物被新設計的這項研究(SI
表1)。經過多重PCR和單核苷酸引物延伸,SNP結果被從ABI3730音序
器中讀取。Y-文件管理器工具包(ABI,卡爾斯巴德,加利福尼亞州,美國)
用于17可疑交易報告(DYS19、DYS389a/b、DYS390、DYS391、
DYS392、DYS393、DYS437、DYS438、DYS439、DYS448、
DYS456、DYS458、DYS635、Y-GATA-H4、DYS385a/b)基因分型。
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2019-04-17 ? IP屬地未獲取 ?
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含蓄的GBA3基因
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摘要
摘要:
人類Y染色體單倍型類群N-M231是一個共同進化枝從東亞到歐洲北部,阿
爾泰語系、烏拉爾人口最頻繁單倍群之一。使用新發現的雙等位基因標記從
高通量DNA測序,我們很大程度上進一步研究單倍型類群N,其中16亞
類型可以確定由33個snp位點的發展史。超過400男性屬于單倍型類群N
34中國漢族人群中被成功基因型,和北部亞洲和東歐國家的人口也在一起比
較。我們發現,所有N樣本被鍵入一樣內任一分支N1-F1206(包括前N1a
M128,N1bP43和N1cM46分支),其中大部分在阿爾泰語系、烏拉爾、
俄羅斯和說中文的人口或N2-F2930,發現在藏緬語和漢語為母語人口中常
見。
關鍵詞
關鍵詞:
群體遺傳學Y染色體單倍型類群N、烏拉爾、漢藏語系
介紹
介紹
高通量測序帶來了大量新的信息,對研究的歷史和史前時期的人類群體。由于
Y染色體嚴格傳從父親給兒子在人群中,親緣關系的Y染色體通常顯示并行
人口歷史,因此發展史可以提供我們提示追蹤過去的人類群體,不寫在歷史文
獻1.
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2019-04-13 ? IP屬地未獲取 ?
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WeGene_708197B3
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2019-03-28 ? IP屬地中國 ?
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? 發自
微基因APP
含蓄的GBA3基因
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2019-03-28 ? IP屬地通遼 ?
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含蓄的GBA3基因
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2019-02-28 ? IP屬地未獲取 ?
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含蓄的GBA3基因
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2019-02-15 ? IP屬地未獲取 ?
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含蓄的GBA3基因
N1: 年齡18200左右。在中國占6.7%上下。中國的N幾乎全部都是N1
N1a-F1206:習慣稱N1北支。共同祖先大約在15500年前。在中國占2.9%左右
N1a1: 此處主要指N1a1a1a1a4-M2019
N1a1a3:包含F4063等位點。
N1a2:指的是現有譜系樹還沒有命名的N1a2的分支。
N1a2a:包含M128及下游分支的位點CTS2959、F1998等
N1a2b: 分布于西伯利亞、東北歐等地。在外蒙古占3%左右
N1a3~ :樹形尚未穩定。包含F1228等位點。
N1b-F2930:習慣稱N1南支。共同祖先大約在16000年前。在東亞分布廣泛
N1b1-CTS582:年齡13000左右
N1b1a-Z8029
N1b1a1-CTS7324:包含 CTS39等下游支系(位點)。
N1b1a2~ L727 :年齡12800左右
N1b1a2a~ CTS304
N1b1a2b~ F4208:年齡約7800年。包含Y15972等下游支系(位點)
N1b1a2b1~ Y15972: 年齡約6000年。包含FGC46092等下游支系(位點)
N1b1b~ CTS962:包含下游支系(位點)CTS1016
N1b2-M1819:年齡6600年左右。在中國大約占2.6%。含M1811等下游支系
N1b2a-M1811
N1b2b~ Z34965
N2:在中國幾乎不存在。N2a主要分布于歐洲、西伯利亞
。。。。。。。。。。
<y一N1b2交流與y一N探討聯合群>
1父系N1b2-m1819及下游祖源探討
2
鑒于對祖源探索感興趣的M1819不太多,所以擴大范圍,凡對祖源有興趣的各枝N都加入
歡迎對祖源探索有興趣丶有一定學習閱讀能力的N
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含蓄的GBA3基因
單倍群N-M231
2018-01-02
單倍群N-M231在歐亞大陸的北部有著廣泛且特殊的分布,在烏拉爾語系和阿爾泰語系人群中頻率極高。
單倍群N1c1a-M178是單倍群N下的主要支系且被認為是產生于中國。
N1c1a在道孚爾龔和新龍藏中的頻率分別是12.5%和2.17%,其中道孚爾龔N1c1a樣本的17個STR單倍型與俄羅斯的一些科米人完全一致,但新龍的N1c1a樣本卻與周圍人群中的N1c1a樣本的單倍型更近。
另外,中亞和南亞相關的單倍群J-M304和R2-M124也低頻出現于川西羌語系人群中。
往來西北的遷徙
單倍群O的兄弟支系是單倍群N-M231,單倍群N在歐亞大陸北部,尤其是包括芬蘭、烏戈爾、薩摩耶德和尤卡吉爾等分支的烏拉爾語人群、以及阿爾泰語人群和愛斯基摩人中高頻分布,它還低頻出現在東亞內陸。
對于單倍群N 的詳細分析顯示,N 在東歐的高頻是緣于很晚近的遷徙,這次遷徙約從1.2萬到 1.4萬年前(ASD方法)開始,由內亞/南西伯利亞出發,走一條逆時針的北部路線 。
N的下游分支N1a-M128低頻分布于中國北部一些群體,以及中亞的一些古突厥語族群中。
另一分支N1b-P43在北部的薩莫耶德人中廣泛分布,也在一些烏拉爾和阿爾泰人群中低頻或中頻分布,N1b(編者:老式命名)大約誕生于西伯利亞。頻率最高的下游單倍群N1c-Tat,可能在1.5萬年前起源于中國西部地區,然后在西伯利亞經歷多次瓶頸效應,最后擴散到東歐和北歐 [36]。
一些研究把單倍群N的起源追溯到中國西南或東南亞,單倍群N的人群艱苦跋涉由東南亞穿越大陸一直到北歐,譜寫了壯麗的遷徙史詩。
單倍群N的遷徙史為東亞人群南方起源提供了一項強有力的證據。
然而仍有一些研究在質疑南方起源。Karafet等對來自東亞和中亞地區的25個群體的1300多份樣本進行Y染色體分型研究,他們發現各單倍群間的兩兩差異在東亞南部是非常小的,且東亞南北群體之間并未發現遺傳分化 。
薛雅麗等使用貝葉斯全似然法來分析取自中國、蒙古、韓國和日本的27個群體近1000份樣本45個Y染色體SNP和16個STR位點。他們發現東亞北方群體的Y染色體的STR多樣性要高于南方,北方群體的擴散要早于南方群體。
但隨后石宏指出Karafet所觀察到的北方群體的高多樣性應是由近期的人群混合造成的,薛雅麗等分析結果也存在這 一問題,蒙古、維吾爾和滿族的基因多樣性高應是由他們與西方人群以及漢族大規模混合的結果。另外,薛雅麗等所選取的南方群體代表性不夠,長期地理隔離所造成的群體內部的瓶頸效應或對基因多樣性的估算有較大影響。
總之,后續的爭論就集中在如何辨析中亞和歐亞西部人群對東亞的基因貢獻。
鐘華等對117個群體的近4000份樣本的Y染色體進行高分辨率的分型判斷來試圖闡明這一問題。在鐘華等的研究中,單倍群O-M175、C-M130、D-M174和N-M231仍顯出了南方路線較大基因貢獻。
然而,與中亞和歐亞西部相關的單倍群,例如單倍群R-M207和Q-M242,多在東亞西北地區出現,且它們的頻率自西向東有遞減的趨勢。另外,單倍群R-M207和Q-M242的Y染色體STR多樣性也提示了北方路線存在的可能性,也就是1.8萬年前由中亞到北亞的遷徙和3千年前沿絲綢之路的人群混合。
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2019-01-28 ? IP屬地通遼 ?
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《網友的統計
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N知識專家觀點:
“東亞人群的主要父系N-M231
父系N-M231大約在3.7萬年前誕生,由單倍群NO-M214分化產生。在距今2萬年前后分化成幾個重要的的下游支系,主要分布在東亞、西伯利亞和歐洲東北部地區。接下來簡單介紹N-M231的幾個主要下游支系。
N1a1a-M178主要分布在在東亞、西伯利亞和歐洲東北部地區。這個支系的下游支系是烏拉爾語人群和部分西伯利亞人群的核心父系類型。但是在東亞地區(包括漢族人群)也存在很多N1a1a-M178的下游支系,有的是早期的分支。
N1a2a-M128主要分布在東亞地區,集中出現在漢族人群和華北-東北地區的少數族群之中。這個父系可能是中國古代華北和東北地區最重要的父系類型之一。
支系N1a2b~ P43是西伯利亞西部地區的薩摩耶德語人群和漢特-曼西人群的主要父系類型。
支系N1b-F2930主要分布在東亞地區,是漢藏語人群的核心父系類型之一。
對于父系N-M231經由南線還是北線(下圖中帶問號的虛線)遷徙到亞洲東北部,目前還有一點爭議。一部分下游支系(N1b-F2930)局限在東亞,而另一部分(N1a1a-M178)則遍布西伯利亞。
不過,在華北和東北地區發現有很多N1a1a-M178之下的早期分支。這可能支持西伯利亞的N1a1a-M178是從中國的華北-東北地區擴散過去。
另一方面,一般又認為N-M231的旁系支O-M175是經由南線遷入東亞的。按常理推測,N-M231也應該沿南線遷徙而來。不過,N-M231還有很多罕見的早期分支,分布也很離散。舊石器時代的采集-漁獵人群的活動范圍通常都很廣。
由于目前證據的缺乏,我們暫時無法精確定位舊石器時代的人群遷徙路徑。因此,討論N-M231經由南線或者北線這一話題的意義可能并不大。我們可以更加關于N-M231的下游支系在東歐亞地區的擴張對當地人群的影響。
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父系單倍群N
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的舊石器時代,不久后第一次分歧的N.另一方面,值得注意的幾個亞類型擴
散僅在幾千年之前,像N1a1F1154(其中絕大部分是N1a1a1M128和分發在
漢族人),其中分流~5基亞在新石器時代晚期,以及N1b1a1aF3271(這里主
要是Buriyad和幾個樣品還在Bargud和漢族人),其中只有2~基亞,可能
反映了Buriyad在中國歷史上強大的瓶頸處分道揚鑣。
討論
討論
復發性突變的LLY22g
單核苷酸多態性LLY22g(C/C>c/A)其中定義前單倍型類群N1不是基因型
在這項研究的所有樣品。這兩個基因位點(chrY:24270184和24578321hg19)
位于文數P3的ampliconic地區,2高度類似副本
第35、36。所述前18,雖然
多數N樣品在LLY22g上顯示c/A基因型,我們發現三種基因型、C/C、
c/A,A/里面N2F2930分支。因此,我們建議LLY22gC/C>c/A發生的
N1和N2,分裂之前已經和內單倍型類群NC/C基因型由反向突變,或者說
可能引起之間兩個LLY22g基因,因為經常性的denovo突變很少發現人類
Y染色體歷史底蘊的基因轉換。所有我們基因型屬于N2a1*-F1883(xF846)分
支幾個C/C個人。另一方面,那里是沒有經常性的LLY22gC/C>c/A突變
事件報道外單倍型類群;此外,LLY22ga/a基因型N2bF2569分支里面也大大
有利于轉換理論。所以我們認為LLY22gC/C>c/A突變就等于M231,和下
游轉換事件引起復發性C或/等位基因,而我們不能排除發現更多的經常性
事件,在單倍型類群;同一案件還找單核苷酸多態性P25里面R1b分支,對Y染色體37ampliconicAZFc地區有3份。因此,由于LLY22g易復發,我
們從單倍型類群N發展史中刪除此單核苷酸多態性,并沒有進一步的基因分
型的LLY22g在這項研究。
在AZFc部分缺失
一直觀察單倍型類群N個人在Y染色體38的AZFc區b2/b3刪除(約1.8
Mb刪除,包括軌跡sY1191)。在研究中,33只雄性的單倍型類群N131(即
M231+、LLY22g+)發現載b2/b3刪除和其他2遭受完整AZFc刪除和患
有不孕癥。以及,所有四個N*(即M231+,
LLY22g-)男性有b2/b3刪除。為了進一步確認是否所有的血統
單倍型類群N攜帶b2/b3刪除,即是否已經在分裂之前發生此刪除
N1F1206和N2F2930,我們測試的存在的基因位點sY1191(顯示b2/b3刪
除)和sY1291(顯示gr/gr刪除)在樣品的大多數分支我們在本文中確認。(圖
4)結果清楚地表明,從N1和N2的亞類型的所有樣本都缺乏sY1191軌
跡,指示b2/b3刪除已經由N1F1206和N2-F2930的最近共同祖先,以及
應由所有的個人的單倍型類群;繼承
結論
幾乎所有樣品北到中國都屬于幾個下游分支的N1-F1206,和中國包含多樣性
指數最高的單倍型類群N和所有檢測到的深的分支,以及那單倍型類群N
的至親——單倍型類群O棲息也主要在東亞和東南亞地區,我們建議單倍
型類群N首先分流以來中國當前范圍內的舊石器時代晚期。新發現的單核苷
酸多態性通過高通量測序成為強大的工具,更好地了解單倍型類群N,并將提
供早期人口歷史的漢藏語系、阿爾泰語系、烏拉爾人口的重要信息。
表1計算聚結倍的單倍型類群N和其亞類型
進化枝
人口
聚結
時間(千年)
線性校準
(千年)
NM231
主要是漢族和蒙古族
9.8±6.2
15.8±10.0
N1-F2130
主要是漢族和蒙古族
8.4±5.0
13.5±8.1
N1a1-F1154
主要漢
3.1±4.1
5.0±6.6
N1b1M178
漢族和蒙古族
7.8±8.0
12.6±12.9
N1b1a1a-F3271
主要是蒙古
1.2±1.5
1.9±2.4
N2F2930
主要漢
6.7±4.4
10.8±7.1
N2a1F1833
主要漢
5.1±4.2
9.2±6.8
N2bF2569
7.0±3.0
11.2±4.8
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在AZFc部分缺失
使用sY1201,sY1191的多重PCR檢測到部分缺失的AZFc(顯示b2/b3刪
除),sY1291(顯示gr/gr刪除),和sY1161。引物的序列和PCR條件遵循以
前的研究20.
結果
結果
使用33雙等位基因標記,包含一些個人的16不同單被發現里面單倍型類群
N(圖1)。雖然513樣品被歸類為單倍型類群N在先前的基因分型,保存時
間長,由于成員只有440被成功基因型為下游snp位點。前N1定義單核苷
酸多態性LLY22g免去由于復發性突變事件(見討論)的系統進化樹。所有的
基因型的樣品被歸類為N1F1206或N2-F2930,雖然沒有N*(xF1206,F2930)
樣品被發現。所有新的N1F1206分支,分別更名為N1a1a1,N1a2和N1b
內,發現的三個前身主要亞類型——N1aM128,N1b-P43和N1cM46。
M128現在是位于下游到新發現的snp位點F3163(這也是上游到P43),
F1154和F2759。現在可以進一步澄清以前知名分支M46+下游結構(或達
+)。M46沒有+M178樣品被發現在這項研究,F3331、F1419或F4325,
F3271,和F2288(按順序從上到下游)每個可以獨立一些樣品。
因為所有N樣本可都分為N1F1206和N2F2930,(圖2),在地圖上繪制的
兩個分支分布,我們發現一個明顯的趨勢,N1是更多在北方和南方的N2。
所有的基因型N的蒙古語,人群中屬于N1F1206分支,具體來說,N1b1a
F1419屬性到呼倫貝爾Buriyad整個人口的60%。另一方面,N的南部組,
主要是藏緬語(Bodic、羌語支、嘉絨、土家族、Mishmi和Tani)和泰-侗臺(莊)人口中的絕大多數屬于N2F2930分支。講中國的漢族和回族表明中
間的圖案,N1和N2個,N1下降從北到南,N2反之亦然一般梯度的地區
而異。
我們與眾多文獻(SI表2)4-7,12,13,21-29,這項研究的基因分型結果比較并檢查N
(圖3)的分布。因為有沒有基因分型的單核苷酸多態性N1a1a1M128、
N1a2-P43,以及N1bM46可用文獻中,我們使用三個亞類型的頻率的總和作
為N1F1206的最小值。我們發現在這數據研究,北/南與N1的趨勢/N2
仍然清晰。許多人口北至中國,包括通古斯、烏拉爾、斯拉夫、波羅的海
的人口,以及講群體(圖瓦、雅庫特),表明,幾乎所有的N屬于N1bM46
或N1a2-P43,因此根據N1-F1206,而南部的族群,像Lolo緬甸講彝族、
拉祜族并未出現的三個分支,一些突厥,可能與高頻率的N2F2930相關(一
個在這項研究的彝族樣品進行了檢測,被測出N2a1F1833)。
從STR數據(SI表3),我們可以估計單倍型類群N在有關人口的亞類型的
聚結時間。已經有長期的辯論持續了超過10年的STR突變率應該用于時間
估計在歷史30,31,盡管這,我們在這里構成我們時間估計,至少要顯示其相對
年齡(表1)讀者的引用。每個分支的年齡計算的平均STR基于時間平均的
STR值(假設為祖先節點)和使用每個現代成員之間
斯拉特金的方法和父親兒子雙Y染色體STR突變率32-34和日期進行了線性
刻度15.8基亞(幾千年前),取得了從高通量測序的Y染色體18N1F1206和
N2F2930發散時間。我們都知道一個分支的估計平均愈合時間為采樣的人
口,而不是分歧日期的整個分支和前的時間可以比后者小得多。更令人信服的
日期估計必須作出后未來高通量測序的單倍型類群;更多的人
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在東歐和歐亞大陸北部,Y染色體單倍型類群N-M231可能理解阿爾泰語
系、烏拉爾和漢藏語系人群的早期發展的關鍵。從古代DNA的研究,單倍
型類群N出現最頻繁的分支,在中國2,在長城沿線的新石器時代晚期文化之
一和因此可能是杰出的游牧民族的草原,像匈奴、鮮卑、突厥(突厥)和回
鶻文的主要組成部分(鶻)。如今,這個單倍型類群是廣泛分布在歐亞大陸,從
東南亞到歐洲北部3大范圍。最高頻率在發現了幾個烏拉爾、印歐語系和阿爾
泰說西伯利亞和東歐國家,如芬蘭(42——71%),波羅的海國家的人口(42-
44%),俄羅斯(6——54%)和雅庫特(79——100%),以及幾個漢藏為母語
的人口上的東南緣,青藏高原,像彝族(11——
32%)和珞巴族(35%)414.單倍型類群N也分散在較低的頻率,在很多其他
阿爾泰語民族群體(0-20%),以及漢族(2——9%)15和西藏(2-15%)
16.
許多研究已表明的亞類型NM178和N-P43(N1c1和N1b,根據YCC2008
棵樹17),這在歐洲很流行。從這些研究、Rootsi等人建議單倍型類群N與
起源于中國,逆時針路線和串行瓶頸在西伯利亞和東歐3二次擴張。然而,直
到現在,知少單倍型類群N深分支,幾個snp位點是可利用的基因分型,這
么多樣品的單倍型類群N只可列為N*-M231(xM128,P43,M46)或N1*-
LLY22g(xM128,P43,M46),最位于中國境內。因此,上游發展史的單倍型類群
N調查將為中國的早期歷史以及歐亞草原和東歐的內容非常豐富。
單倍型類群N(包括屬于paragroupN*-M231(xM128,P43,M46)),超過300新
單核苷酸多態性(與"F"作為前綴)的幾個人被發現了,新的系統發育樹,繪制
的18,測序樣品的最近共同祖先在過時在15.8基亞(95%ci:13.8-18.0)。
為了更好地理解譜學、地理分布,以及整個的單倍型類群N,在此研究中,我們
對這單倍型類群從34中國漢族人群中選定33個snp位點與樣本超過400。
方法
方法
樣本采集
在此研究中,血液或34中國漢族人群中頰拭子樣本采集,包括SinoTibetan
講漢、回族(講中文的種族集團與中亞和西亞的混合物)、藏族、夏爾巴
人、M?
npa、鄧、珞巴族、嘉絨、全、穆亞、羌族和土家族;
講阿爾泰語系的蒙古人。和泰侗臺講莊,總共有超過6,900樣品
(圖1)。采樣是在復旦大學生物研究倫理委員會的批準下簽署的樣品捐贈者的
知情同意。
基因分型
DNA的上述提到男性樣本首先提取,并進行了測試與單核苷酸多態性
M231,然后這些樣品與派生等位基因(n=513)進一步的基因在這項研究。33
選單核苷酸多態性基因型在3個小組,使用快照多重工具包(ABI,卡爾斯巴
德,加利福尼亞州,美國)19與為擴增引物的延伸引物被新設計的這項研究(SI
表1)。經過多重PCR和單核苷酸引物延伸,SNP結果被從ABI3730音序
器中讀取。Y-文件管理器工具包(ABI,卡爾斯巴德,加利福尼亞州,美國)
用于17可疑交易報告(DYS19、DYS389a/b、DYS390、DYS391、
DYS392、DYS393、DYS437、DYS438、DYS439、DYS448、
DYS456、DYS458、DYS635、Y-GATA-H4、DYS385a/b)基因分型。
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摘要
摘要:
人類Y染色體單倍型類群N-M231是一個共同進化枝從東亞到歐洲北部,阿
爾泰語系、烏拉爾人口最頻繁單倍群之一。使用新發現的雙等位基因標記從
高通量DNA測序,我們很大程度上進一步研究單倍型類群N,其中16亞
類型可以確定由33個snp位點的發展史。超過400男性屬于單倍型類群N
34中國漢族人群中被成功基因型,和北部亞洲和東歐國家的人口也在一起比
較。我們發現,所有N樣本被鍵入一樣內任一分支N1-F1206(包括前N1a
M128,N1bP43和N1cM46分支),其中大部分在阿爾泰語系、烏拉爾、
俄羅斯和說中文的人口或N2-F2930,發現在藏緬語和漢語為母語人口中常
見。
關鍵詞
關鍵詞:
群體遺傳學Y染色體單倍型類群N、烏拉爾、漢藏語系
介紹
介紹
高通量測序帶來了大量新的信息,對研究的歷史和史前時期的人類群體。由于
Y染色體嚴格傳從父親給兒子在人群中,親緣關系的Y染色體通常顯示并行
人口歷史,因此發展史可以提供我們提示追蹤過去的人類群體,不寫在歷史文
獻1.
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N1a-F1206:習慣稱N1北支。共同祖先大約在15500年前。在中國占2.9%左右
N1a1: 此處主要指N1a1a1a1a4-M2019
N1a1a3:包含F4063等位點。
N1a2:指的是現有譜系樹還沒有命名的N1a2的分支。
N1a2a:包含M128及下游分支的位點CTS2959、F1998等
N1a2b: 分布于西伯利亞、東北歐等地。在外蒙古占3%左右
N1a3~ :樹形尚未穩定。包含F1228等位點。
N1b-F2930:習慣稱N1南支。共同祖先大約在16000年前。在東亞分布廣泛
N1b1-CTS582:年齡13000左右
N1b1a-Z8029
N1b1a1-CTS7324:包含 CTS39等下游支系(位點)。
N1b1a2~ L727 :年齡12800左右
N1b1a2a~ CTS304
N1b1a2b~ F4208:年齡約7800年。包含Y15972等下游支系(位點)
N1b1a2b1~ Y15972: 年齡約6000年。包含FGC46092等下游支系(位點)
N1b1b~ CTS962:包含下游支系(位點)CTS1016
N1b2-M1819:年齡6600年左右。在中國大約占2.6%。含M1811等下游支系
N1b2a-M1811
N1b2b~ Z34965
N2:在中國幾乎不存在。N2a主要分布于歐洲、西伯利亞
。。。。。。。。。。
<y一N1b2交流與y一N探討聯合群>
1父系N1b2-m1819及下游祖源探討
2
鑒于對祖源探索感興趣的M1819不太多,所以擴大范圍,凡對祖源有興趣的各枝N都加入
歡迎對祖源探索有興趣丶有一定學習閱讀能力的N
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單倍群N-M231
2018-01-02
單倍群N-M231在歐亞大陸的北部有著廣泛且特殊的分布,在烏拉爾語系和阿爾泰語系人群中頻率極高。
單倍群N1c1a-M178是單倍群N下的主要支系且被認為是產生于中國。
N1c1a在道孚爾龔和新龍藏中的頻率分別是12.5%和2.17%,其中道孚爾龔N1c1a樣本的17個STR單倍型與俄羅斯的一些科米人完全一致,但新龍的N1c1a樣本卻與周圍人群中的N1c1a樣本的單倍型更近。
另外,中亞和南亞相關的單倍群J-M304和R2-M124也低頻出現于川西羌語系人群中。
往來西北的遷徙
單倍群O的兄弟支系是單倍群N-M231,單倍群N在歐亞大陸北部,尤其是包括芬蘭、烏戈爾、薩摩耶德和尤卡吉爾等分支的烏拉爾語人群、以及阿爾泰語人群和愛斯基摩人中高頻分布,它還低頻出現在東亞內陸。
對于單倍群N 的詳細分析顯示,N 在東歐的高頻是緣于很晚近的遷徙,這次遷徙約從1.2萬到 1.4萬年前(ASD方法)開始,由內亞/南西伯利亞出發,走一條逆時針的北部路線 。
N的下游分支N1a-M128低頻分布于中國北部一些群體,以及中亞的一些古突厥語族群中。
另一分支N1b-P43在北部的薩莫耶德人中廣泛分布,也在一些烏拉爾和阿爾泰人群中低頻或中頻分布,N1b(編者:老式命名)大約誕生于西伯利亞。頻率最高的下游單倍群N1c-Tat,可能在1.5萬年前起源于中國西部地區,然后在西伯利亞經歷多次瓶頸效應,最后擴散到東歐和北歐 [36]。
一些研究把單倍群N的起源追溯到中國西南或東南亞,單倍群N的人群艱苦跋涉由東南亞穿越大陸一直到北歐,譜寫了壯麗的遷徙史詩。
單倍群N的遷徙史為東亞人群南方起源提供了一項強有力的證據。
然而仍有一些研究在質疑南方起源。Karafet等對來自東亞和中亞地區的25個群體的1300多份樣本進行Y染色體分型研究,他們發現各單倍群間的兩兩差異在東亞南部是非常小的,且東亞南北群體之間并未發現遺傳分化 。
薛雅麗等使用貝葉斯全似然法來分析取自中國、蒙古、韓國和日本的27個群體近1000份樣本45個Y染色體SNP和16個STR位點。他們發現東亞北方群體的Y染色體的STR多樣性要高于南方,北方群體的擴散要早于南方群體。
但隨后石宏指出Karafet所觀察到的北方群體的高多樣性應是由近期的人群混合造成的,薛雅麗等分析結果也存在這 一問題,蒙古、維吾爾和滿族的基因多樣性高應是由他們與西方人群以及漢族大規模混合的結果。另外,薛雅麗等所選取的南方群體代表性不夠,長期地理隔離所造成的群體內部的瓶頸效應或對基因多樣性的估算有較大影響。
總之,后續的爭論就集中在如何辨析中亞和歐亞西部人群對東亞的基因貢獻。
鐘華等對117個群體的近4000份樣本的Y染色體進行高分辨率的分型判斷來試圖闡明這一問題。在鐘華等的研究中,單倍群O-M175、C-M130、D-M174和N-M231仍顯出了南方路線較大基因貢獻。
然而,與中亞和歐亞西部相關的單倍群,例如單倍群R-M207和Q-M242,多在東亞西北地區出現,且它們的頻率自西向東有遞減的趨勢。另外,單倍群R-M207和Q-M242的Y染色體STR多樣性也提示了北方路線存在的可能性,也就是1.8萬年前由中亞到北亞的遷徙和3千年前沿絲綢之路的人群混合。
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“東亞人群的主要父系N-M231
父系N-M231大約在3.7萬年前誕生,由單倍群NO-M214分化產生。在距今2萬年前后分化成幾個重要的的下游支系,主要分布在東亞、西伯利亞和歐洲東北部地區。接下來簡單介紹N-M231的幾個主要下游支系。
N1a1a-M178主要分布在在東亞、西伯利亞和歐洲東北部地區。這個支系的下游支系是烏拉爾語人群和部分西伯利亞人群的核心父系類型。但是在東亞地區(包括漢族人群)也存在很多N1a1a-M178的下游支系,有的是早期的分支。
N1a2a-M128主要分布在東亞地區,集中出現在漢族人群和華北-東北地區的少數族群之中。這個父系可能是中國古代華北和東北地區最重要的父系類型之一。
支系N1a2b~ P43是西伯利亞西部地區的薩摩耶德語人群和漢特-曼西人群的主要父系類型。
支系N1b-F2930主要分布在東亞地區,是漢藏語人群的核心父系類型之一。
對于父系N-M231經由南線還是北線(下圖中帶問號的虛線)遷徙到亞洲東北部,目前還有一點爭議。一部分下游支系(N1b-F2930)局限在東亞,而另一部分(N1a1a-M178)則遍布西伯利亞。
不過,在華北和東北地區發現有很多N1a1a-M178之下的早期分支。這可能支持西伯利亞的N1a1a-M178是從中國的華北-東北地區擴散過去。
另一方面,一般又認為N-M231的旁系支O-M175是經由南線遷入東亞的。按常理推測,N-M231也應該沿南線遷徙而來。不過,N-M231還有很多罕見的早期分支,分布也很離散。舊石器時代的采集-漁獵人群的活動范圍通常都很廣。
由于目前證據的缺乏,我們暫時無法精確定位舊石器時代的人群遷徙路徑。因此,討論N-M231經由南線或者北線這一話題的意義可能并不大。我們可以更加關于N-M231的下游支系在東歐亞地區的擴張對當地人群的影響。
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