漢族的主要祖先新石器時代的農業人群在2000～3000年前大規模遷居日本，與日本土著繩文人混血，所以漢族與現今日本人有較高的遺傳相似性；由于日本人還有部分來自古老的繩文人的祖源成分，而被認為是日本人區別于漢族而獨有的特征成分，被計算為日本人成分。祖先人群的混合可能會導致我們的計算低估了一些樣本中的漢族成分而高估了一些樣本中的日本成分，導致與傳統認知不符的情況。