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吹風的KDM5D基因 綜合討論組

關于原始數據，為啥友商同時提供bam和fq呢？

微基因提供70G的bam，友商給了fastq和bam，gvcf，按我理解，只要bam就夠了。但微基因要導入友商數據，又要fastq，什么原因？
2019-12-15 ? IP屬地中國
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5 個回復

Fastq還沒被map到人類參考基因組上，可以用bwa程序map到與build37或build38有關的坐標上，進而轉化成bam。但要首先確認原數據的unmapped reads等信息是否被友商刪除過
友商 實在. 給你原始的fastq reads, 和他們map的 bam 文件 還有 called variants.
元月十號 - 【杜】O-MF2636/外公【崔】T-Y13290/外婆【張】O-F723
fastq是原始數據 肯定好 但是有一說一 魔方高通的質量真的不行 太水
樓上23魔方有全基因測序？我這個友商40x的深度。
bam 是可以轉回 fastq 的，而且上樹只要 bam

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