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havefun havefun 綜合討論組

ChinaMAP各省漢族聚類分析圖

好像是比較新的論文圖,缺少客家省導致廣東廣西的數據在圖中顯得突兀
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2020-05-06 ? IP屬地梅州
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K2 - 炸號狂魔K2
不否認WGS的數據有幾率找到很多可以把漢族人分開的SNP,從而讓PCA這么好看
?
但奇怪的地方還是很多??
我就是看到覺得奇怪,并不專業。還有不知道是我眼睛有問題,還是因為色彩對比導致(需要抓取顏色判斷),我在圖4c里看到東部漢和北部漢有一堆灰色點,即壯族,如果說南部漢出現壯族還可以解釋為父母中有一方是北方漢人,那這些出現在北方的點不知道怎么解釋,總不能收集的是八分之一的壯族吧。而且從圖5b看到壯族k8非常接近南部漢,從圖4c可以看出灰點大量集中在右下方聚成一類,位于嶺南漢正下方,遠離南部漢。也就是壯族結果接近南部漢,完全是靠北邊去拉起來的,而且從下方集中的灰色點數量,對比chs黑色點數量,發現這些聚集在下方的壯族點只占有不到總數一半的比例。畫線連接兩個聚集處,中點恰為chs最下方的黑點,即可能是珠三角廣府人。也就是圖5b的壯結果可能可以代表珠三角的廣府人。
專業!
結果挺奇怪的,BMI的GWAS都沒有重復出FTO基因
執于卿 - 我的世界,只有你!
客家省?
再仔細看發現,由圖4c的chd東南沿海人群,可以看出chs取樣就是湘贛閩客以及珠三角的廣府人。因為chd在接近最下方chs處是幾乎沒有的,反而在嶺南漢附近有大量的點以及接近福建處有點,說明chd取得可能是閩浙人群。廣東的閩人,主要為粵東的潮汕地區的潮汕人以及粵西的雷州半島。這和chd在廣東的分布一致。廣東漢和廣西漢聚類也說明嶺南漢代表的其實是粵西漢。
瑞金醫院牽頭做的全基因組分析
圖4c可以看出,廣東的點和chs的點位置關系也很微妙,如果廣東的取樣沒有偏向粵西,那似乎chs點的取樣人群就是閩人,贛人,客人為主,和廣府人沒關聯。如果廣東的取樣確實偏向了粵西,則說明chs取樣人群為閩人,贛人,客人,以及珠三角的廣府人,個人覺得這更為合理。
早上看了一下原論文的圖,發現嶺南漢,即兩廣的數據很奇怪。圖5b中壯族居然更接近南漢,反而是嶺南漢十分另類。對比圖5c,可以看出嶺南漢和廣東十分相似。但壯族卻和廣西差異十分之大,說明大多數壯族數據不是來自廣西而是其他省份。
然后是各省數據量和人口關系成迷,上海一千九,浙江一千四,江蘇卻只有兩百,安徽甚至是70,也許這造成了東部漢和中部漢和北方漢有較為清晰的分界線。南部漢族也迷,江西只有四十五,云南十一,重慶二十一,這與其說是南部漢,不如說是川湘貴漢。江西漢的數據量太低導致東南和嶺南和南部之間出現了異常大的空白。同時廣東漢取樣地估計極其偏向粵西,導致廣東數據東北部稀疏連接不上福建江西。
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微基因自己出的
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選了八個民族。

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為了不顯得擁擠去掉了西北。

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