
全基因組測序統(tǒng)計信息比較
有個網(wǎng)站可以方便地得到全基因組測序的統(tǒng)計信息:https://qual.iobio.io/
這是我的微基因菁英版結果
還有個工具也能得到類似的信息: https://wgsextract.github.io/?
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?從統(tǒng)計信息看,我的Mapped reads比較低,才86.89%, 95%以上才是較為理想的。從每一條染色體來看,有6條染色體均未達到30x的測序深度,很多是27x,就差個那么一點。總的23條染色體的測序深度平均下來是31x,剛剛過了30x的合格線。
Mapped reads比較低是什么原因?除了可能樣本里細菌比較多,其他原因呢?@費力科思
各位測過微基因全基因組或者其他公司全基因組的都來比較看看
總體來看,我這個數(shù)據(jù)只是剛剛及格吧
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Mapped reads比較低是什么原因?除了可能樣本里細菌比較多,其他原因呢?@費力科思
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https://en.wikipedia.org/wiki/Chromosome#Human_chromosomes
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ps,一般說30X也是說genome-wide的30X,泊松分布嘛,分染色體看肯定有不到30X的,約短的波動越大
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