看劇的GALR1基因綜合討論組

關于全基因的疑問，請管理回復一下。

我測的是菁英版，測了兩次，第一次是兩年前給兒子測的，Y染bam有803M，這次我自己的只有430M。第一次給的全基因數據是96G的BAM文件，這次是33G的CRAM文件。數據量差這么大，質量能保證嗎？
PS:我已經傳Y到Yfull了，幾天后看看質量怎么樣。

2021-06-15 ? IP屬地南昌 ? 發自微基因APP

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15 個回復

Indocina

Cram是可以轉換為bam的，兩者沒啥區別，cram占空間還小，方便下載

哽咽的LRP1B基因

建議不要根據文件大小判斷數據量
不同格式有壓縮率問題
文件內容，bam，cram都是可以有很多額外信息的，比如各種reads比對的信息、tag
以及，同樣的數據量，讀長100bp 150bp的文件大小差異會很大
數據量不等于文件大小，也不是正比關系

紳士的SRY基因

額

寫錯了，不是魔方的，在國外很久以前測的全基因組提取y出來上傳不知道為什么變成了23mofang

堅韌的USP9Y基因

我不是管理員，但是你兩次都是測的全基因測序菁英版嗎？還有你兩次下載的數據格式都不一樣，大小肯定不同吧

看劇的GALR1基因

兩次都是菁英版。Y染都是bam文件，我的小一半。cram格式壓縮率相對bam只有10~30%，按理相同質量60G差不多，可是我的只有33.6G。

看劇的GALR1基因

覆蓋長度深度不一樣，那不就是質量差異嗎？同一家公司，同一套設備，同樣的格式，難道文件小的質量還高？之前的難道都塞了一堆沒用的數據？

看劇的GALR1基因

說什么好呢？這就是菁英版的質量？平均16.5中值14。呵呵了，連20都達不到，青春版都不如，這么騙錢你們良心不會痛嗎？還是說你們根本沒有良心？給個說法？

看劇的GALR1基因

是這樣算的話，我確實不懂，我只知道我18年源基因Y全序平均都22X，雖然覆蓋長度短。

看劇的GALR1基因

只有一半？自己看看，Y是一樣的深度好吧。常染30的Y有26x，常染15的，Y是16x

哽咽的LRP1B基因

源基*真的不行兄弟，區域捕獲y染色體才給你22x，一般外顯子都是100x起跳的
?

順天承命

全基因組的Y就是這樣，我八十九G的數據。Y也是15X。

順天承命

這個是我的全基因組Y的數據

依闌聽風雨

??反正沒有宣傳的平均30深度

看劇的GALR1基因

實錘19X

性感的ADD1基因

不知道微基因的cram是無損壓縮還是有損按理來說這壓縮率超過了無損的范圍，壓縮率太高了。

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