
用Python繪制發育樹
概述:
編程語言:python3.8
模塊:biopython
可選:jupyter
整體思路:繪制發育樹
本次教程案例:母系單倍群A8a的分化樹
步驟:
1. 在txt上按照? ?(子支1,子支2)母支 ? ? 來寫txt文檔,若需要加上MRCA,格式:(子支1:MRCA1,子支2:MRCA2)母支:MRCA3
?
2. 以newick格式讀取該txt文件,并使用common_ancestor().color語句設置顏色。這里我是按照地理分布分別標記顏色。不過比較郁悶的是沒法設置圖例。。。我現在正在github上pull request,看看以后能不能加上吧。
手動圖例:
紅:東亞
綠:中亞
藍:北亞
黃:西歐亞
?
結果展示:
?
編程語言:python3.8
模塊:biopython
可選:jupyter
整體思路:繪制發育樹
本次教程案例:母系單倍群A8a的分化樹
步驟:
1. 在txt上按照? ?(子支1,子支2)母支 ? ? 來寫txt文檔,若需要加上MRCA,格式:(子支1:MRCA1,子支2:MRCA2)母支:MRCA3
?
2. 以newick格式讀取該txt文件,并使用common_ancestor().color語句設置顏色。這里我是按照地理分布分別標記顏色。不過比較郁悶的是沒法設置圖例。。。我現在正在github上pull request,看看以后能不能加上吧。
手動圖例:
紅:東亞
綠:中亞
藍:北亞
黃:西歐亞
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