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yhlhhhhh yhlhhhhh - 每日與生物工程斗智斗勇到謝頂 綜合討論組

做了一個壓縮微基因,23andme和23魔方的中通txt數據壓縮命令行

命令行名稱:zip-gene-test-data
pypi鏈接:https://pypi.org/project/zip-gene-test-data/0.0.1/
github鏈接:https://github.com/yhlhhhhh/zip_gene_test_data
下載方法:
法一:
pip install zip-gene-test-data==0.0.1
提示:此方法需要使用pip
法二:
直接在github的項目鏈接下載
使用方法:
1. Windows系統的同學如果沒有Python先安裝Python,Mac OS系統的同學就不用了,因為系統已經自帶了。
2. 安裝依賴庫click,安裝命令如下:
pip install click
3.程序運行命令:
python main.py start
之后按照命令行提示完成即可
壓縮格式:
目前只支持輸入輸出的格式為txt,我WeGene2.0的原始數據原來大概30m,壓縮之后是15m,擴展數據大概400m,壓縮之后為200m
壓縮格式說明:
將所有純合位點縮寫為一位字母,例如AA顯示為A,雜合位點保持不變例如AG仍為AG。去掉了位置信息,染色體號。rsid與基因型間用|連接。
2021-07-15 ? IP屬地北京 ? 發自微基因APP
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熱知識:gz 一般即可將 txt 文件壓縮到原來的 1/3,高度重復的txt 文件壓縮率更高
果然放假后高產了很多????
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