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yhlhhhhh yhlhhhhh - 每日與生物工程斗智斗勇到謝頂 綜合討論組

將微基因給出的全序CRAM文件轉為bam

軟件:samtools, cmd(windows), 終端(Mac), terminal(Linux)
溫馨提示:
1. 此轉換過程時間很長,至少我的數據就花了4.5h,所以如果是晚上轉換,建議大家洗洗睡吧
2. 一定要準備一個比較大的U盤,因為轉換出來的文件大概90G
3. 電腦容易發燙的同學一定要找個方法降溫
4. 記得電腦接電源
安裝:
Windows:
官網直接下載鏈接:http://www.htslib.org/download/
利用wget下載命令:
wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.11/samtools-1.11.tar.bz2
Mac:
利用brew下載命令:brew install samtools
Linux:
沒試過,不知道23333
?
轉換:
1. 下載參考序列:human_g1k_v37
2. 打開終端,輸入命令:cd 你存儲cram文件的文件夾路徑
3. 之后輸入命令:samtools view -T human_g1k_v37.fasta -b input.cram > output.bam
4. 等著吧
2021-07-27 ? IP屬地北京
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7 個回復

不吃番薯LiQp - 期待基因克隆肉體的那一天
如果使用多線程解壓,命令應該如何使用呢?
?
不吃番薯LiQp - 期待基因克隆肉體的那一天
fasta文件就是微基因下載的那個txt核心數據下載的那個文件嗎?轉換的時候文件名需要修改嗎?
CRAM轉BAM可以一步到位:
?
samtools view -bh -@ 16 ./路徑/文件名.cram > ./路徑/文件名.bam
?
若能找到且找對fasta/fa/fna(或者用bgzip壓縮的對應gz格式)參考坐標文件則更好:
?
samtools view -bh -T ./參考路徑/ref.fa -@ 16 ./路徑/文件名.cram > ./路徑/文件名.bam
在Windows環境,建議首選Cygwin或安裝Linux虛擬機,缺少前述條件的話再考慮在Powershell(加./)或cmd運行已經被編譯好的samtools.exe
west - 早知道基因,早做健康管理哈
實用貼
三歲妙妙屋
一次一個三歲小妙招
不同格式文件大小真的差好多
想到之前有人來通過文件大小來質疑數據量,太不科學了

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