單核苷酸多態性（英語：Single Nucleotide Polymorphism，簡稱SNP，讀作/snip/）指的是由單個核苷酸—A,T,C或G的改變而引起的DNA序列的改變，造成包括人類在內的物種之間染色體基因組的多樣性。例如，來自兩個不同個體的DNA片段，AAGCCTA和AAGCTTA為等位基因。幾乎所有常見的單核苷酸多態性（SNP）位點只有兩個等位基因。單核苷酸多態性（SNP）位點的分布是不均勻的，在非編碼區比在編碼區更常見。一般來說，自然選擇傾向于保留最利于遺傳適應性的單核苷酸多態性（SNP）位點。其他因素，如基因重組和突變率也可判斷單核苷酸多態性（SNP）位點的密度。?

單核苷酸多態性（SNP）的密度可以通過微衛星DNA進行預測。AT微衛星是單核苷酸多態性（SNP）密度有效的檢測方式，在單核苷酸多態性（SNP)顯著降低及較低GC含量的區域，AT出現大片重復。

在一個種群中，單核苷酸多態性（SNP）可以以次要等位基因頻率的形式體現，即那些等位基因頻率很低的基因座。單核苷酸多態性（SNP）等位基因的頻率在不同人群中具有差異性，因此，常見于某地區或民族的單核苷酸多態性（SNP）等位基因在其他的地區或民族則可能很少見。

DNA指紋圖譜是指個體間的遺傳變異（尤其是在基因組的非編碼區），常被用于法醫學。同時，這些遺傳變異也構成了人體對疾病易感性的差異，以及疾病的嚴重程度及治療效果的差異。例如，載脂蛋白E（APOE）的單堿基突變與阿爾茲海默病發生高風險相關。
人類遺傳基因的各種差異，90%可歸因于SNP引起的基因變異。在人類基因組中，每隔100至300個堿基就會存在一處SNP位點。每3個SNP位點中有2個會是胞嘧啶（C）和胸腺嘧啶（T）的相互轉變。