
各種免費hla分型軟件嘗試總結
hla分型,最好是50x深度以上的測序,100x更好。30x以下就別玩了。
軟件來說,最好準確性的目前是hlahd,在100x深度下,6位hla分型準確率100%,50x下超過99%。
其他幾個,你就別用了,準確率在50x深度下,4位分型準確率低于90%,包括hlascan(雖然速度快,準確率一坨屎),optitype,xhla,等等。
histat2genotype準確率也可以,略微差一點。
軟件來說,最好準確性的目前是hlahd,在100x深度下,6位hla分型準確率100%,50x下超過99%。
其他幾個,你就別用了,準確率在50x深度下,4位分型準確率低于90%,包括hlascan(雖然速度快,準確率一坨屎),optitype,xhla,等等。
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