WeGene的Y單倍群計(jì)算最開(kāi)始是簡(jiǎn)單的自研算法。@wang 傳超同學(xué)加入后，建議我們參考學(xué)術(shù)界的算法并加以優(yōu)化改進(jìn)。
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現(xiàn)在WeGene所使用的Y單倍群算法的主要參考文獻(xiàn)是BMC Genomics上的這篇AMY-Tree，鏈接：http://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2164-14-101
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AMY-Tree算法原本是針對(duì)全基因組測(cè)序數(shù)據(jù)設(shè)計(jì)的，所以我們重新用Python實(shí)現(xiàn)了算法，并根據(jù)芯片數(shù)據(jù)的特點(diǎn)進(jìn)行了優(yōu)化和調(diào)整。正在整理論文和測(cè)試數(shù)據(jù)，盡快發(fā)布給大家。有時(shí)間會(huì)整理成一個(gè)單獨(dú)的開(kāi)源程序放到github上。
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所使用的數(shù)據(jù)是源自AMY-Tree 2.0中所提供的2.1版的數(shù)據(jù)，這是2014年3月的數(shù)據(jù)。我們根據(jù)芯片對(duì)突變位點(diǎn)覆蓋情況以及考慮到我們的用戶主要是東亞人群，對(duì)數(shù)據(jù)做了清理。
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原AMY-Tree程序和數(shù)據(jù)下載地址：https://bio.kuleuven.be/eeb/lbeg/software
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