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金剛石
祖源分析
str推測snp的準確性到底有多大?
用自己17個str的數值,發現匹配5-6以內的個體o2*,o2a,c3,d1都有,但匹配3步之內的都是o2*,和曹操的差了4步,是否可以用str確定snp是o2*?這個準確性能有90%嗎?
有沒有str一樣而snp不同的情況呢?
2016-04-26 ? IP屬地北京
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wang
-
哈佛醫學院、德國馬普所分子人類學博士后
如果確實要預測SNP,可把你的STR數據發我,我幫你在我搜集的數據庫里匹配一下,我搜集的數據應該比你手上現用的要全面一些,email:
[email protected]
?
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2016-04-26 ? IP屬地長沙 ?
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wang
-
哈佛醫學院、德國馬普所分子人類學博士后
1. Y-STR預測SNP是一條可行但不準確的方法,尤其是難以區分下游支系;
2. 你的情況難以確定是否屬于O2*,因為相差的位點數目是一方面,另外還要看相差位點的突變率,不同STR的突變率相差較大;
3. 有沒有str一樣而snp不同的情況呢?這要看你比較多少個STR位點以及要看多下游的snp。
我有篇論文專門討論STR預測SNP的,供參考:
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1673852715000569
要確切知道自己的Y類型只有測SNP。
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金剛石
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2016-04-26 ? IP屬地長沙 ?
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費力科思
-
WeGene勤雜工
STR很難推測SNP吧
贊同來自:
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2016-04-26 ? IP屬地深圳 ?
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金剛石
祖源分析
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2. 你的情況難以確定是否屬于O2*,因為相差的位點數目是一方面,另外還要看相差位點的突變率,不同STR的突變率相差較大;
3. 有沒有str一樣而snp不同的情況呢?這要看你比較多少個STR位點以及要看多下游的snp。
我有篇論文專門討論STR預測SNP的,供參考:
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1673852715000569
要確切知道自己的Y類型只有測SNP。
贊同來自: 金剛石
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