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爽朗的RGMA基因
綜合討論組
請問我下載到的數據,為什么很多位點是缺失的,是什么原因導致的,能否解決?
缺失的數據量大概5-10%沒詳細看
2018-01-14 ? IP屬地中國
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爽朗的RGMA基因
核心數據確實缺失的少,1.47%
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2018-01-16 ? IP屬地中國 ?
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爽朗的RGMA基因
我是這樣算比例的,我把文件用UltraEdit打開,
顯示行數為10073391
以--作為關鍵詞
找到1215874個結果
得到結果0.1207
是不是就意味著我的樣本12.7%的位點是無法識別的呢?
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2018-01-16 ? IP屬地中國 ?
評論 (
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zhengqiang
-
勤奮學習
目前我們提供的核心數據部分NOCALL的比例應該不會超過2%,絕大部分都是1%左右。超過這個比例樣本都會做失敗處理。
出現nocall的原因主要是對應位點上的數據質量在臨界值附近,很難區分a或c,g或t,所以算法會把這類的信號做nocall處理。隨著積累的原始數據增加,其中會有一些nocall的數據因為算法和原始數據的迭代變成有值的部分。
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2018-01-15 ? IP屬地深圳 ?
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高調的RARB基因
大概百分比的話能有多少呢?
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2018-01-15 ? IP屬地中國 ?
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顯示行數為10073391
以--作為關鍵詞
找到1215874個結果
得到結果0.1207
是不是就意味著我的樣本12.7%的位點是無法識別的呢?
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出現nocall的原因主要是對應位點上的數據質量在臨界值附近,很難區分a或c,g或t,所以算法會把這類的信號做nocall處理。隨著積累的原始數據增加,其中會有一些nocall的數據因為算法和原始數據的迭代變成有值的部分。
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