【基因助手】 https://geneu.xyz
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2020.8.18 更新筆記

搜索時(shí)，加入新的父系和母系樹
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2019.12.25 更新筆記
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距離上次更新轉(zhuǎn)眼一年過去了，在各大土豪基因公司的補(bǔ)貼中，這一年基因用戶迅猛增長，越來越多的用戶做了全序測試，父系母系樹也茁壯成長，枝繁葉茂，一派欣欣向榮。
雖然國內(nèi)幾家公司都在嘗試構(gòu)建自己的全序樹，但不得不說，要想搞好全序樹還是靠樣本說話，國內(nèi)公司的優(yōu)勢還是在Y-DNA的O系樹高通樣本量夠多，但對于其他非O系的Y單倍群，和母系單倍群樹。國內(nèi)公司極度缺乏高通樣本，基本還是空白，只能借鑒YFull的已有樹形，掛上去，這。。顯然是本末倒置的。不過對于我們廣大基友來說，對于百家爭鳴的局面，也只能各取所長。
這次基因助手，新增功能：

1. 實(shí)時(shí)同步 YFull 的母系全球數(shù)據(jù)，在世界地圖上展示，可看到每個(gè)國家的母系分布比例和所有的母系樣本。
2. 可搜索某個(gè)YFull母系單倍群，比如輸入母系I1c1a，在世界地圖上展示此單倍群下的所有樣本，如果你有YFull帳號，還可以給非科學(xué)和匿名樣本發(fā)私信。?

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截止到今天，YFull的母系高通樣本達(dá)到了41756個(gè)，其中有24489個(gè)是科學(xué)樣本或匿名樣本，未提供樣本所在地區(qū)。但即使這樣，我們?nèi)匀荒芡ㄟ^這幾萬個(gè)樣本，對母系Mt在全球的分布情況一目了然：母系Mt與父系Y類似，非洲的母系多樣性仍然是最多的（L0~L6），而其他大洲的母系人群只是走出非洲的L3下游，但時(shí)至今日，從L3發(fā)展出來的人數(shù)已經(jīng)遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過了留在非洲的人數(shù)。
由于母系Mt的突變率遠(yuǎn)比父系Y要慢，而且人類社會大多數(shù)時(shí)候是父系主導(dǎo)，家族通過父姓傳承，所以母系不像父系那樣容易追蹤歷史文化，但足夠多的母系高通樣本量也能給各位基因愛好者帶來充分的探索空間。
基因助手將與時(shí)俱進(jìn)，在2020年春節(jié)時(shí)，再給各位基友帶來新年重磅功能，敬請期待！
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下面引用大咖王博士關(guān)于母系Mt的說明：http://www.sofreetech.com/question/201
線粒體DNA是嚴(yán)格母系遺傳，具有高拷貝數(shù)，無重組和高突變率等特性，使它成為反映人群母系進(jìn)化的理想標(biāo)記，利用線粒體DNA上的突變，研究者們構(gòu)建了人類線粒體序列的系統(tǒng)進(jìn)化樹，并定義線粒體單倍型和單倍群，通過世界范圍內(nèi)線粒體單倍群的分布就可以描繪出現(xiàn)代人群母系祖先遷徙的路線。mtDNA的支系分布是很有地域特異性的，例如非洲大陸特異地單倍群 L 比歐亞人群中發(fā)現(xiàn)的類型都要古老，L單倍群被分成L0,L1,L2, L3, L4,L5和L6這幾支,，其中L3 是歐亞人群中的mtDNA的祖先型。非洲以外的所有mtDNA分為M和N兩大超級單倍群，其中N包括了所有歐亞西部特異的譜系H、I、J、K、T、U、V、W 和X，東亞特異的A、B、R9，N9以及大洋州特異的P單倍群也屬于N分枝；M單倍群的下游分支有分布在東亞C、D、G、M7、M8、M9等以及在南亞和東南亞常見的M根部支系。美洲土著人群的分析則表明他們大多只屬于A、B、C、D這4 種單倍群，很少的個(gè)體屬于X單倍群。

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在東亞北方和南方的mtDNA單倍群分布非常不同，東亞北方主要由A,C,D4,D5, G, M8, M9, N9, Z支系組成，而南方為B4, B5a,F, M7, R9等單倍群組成。
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北方譜系中的C、D、G、M8、M9都是M單倍群的下游分枝，M單倍群只存在于東非、南亞、大洋州，東亞和中亞群體中，而在歐亞西部地區(qū)幾乎完全缺乏。北亞主要的mtDNA單倍群是C, D, A, B4, G及N9等一些在東亞也高頻出現(xiàn)的單倍群，另外混有一些末次盛冰期之后從歐亞西部流入的以H、J、U為主的支系。東亞來源的北亞單倍群有M下的 C, D, G, M3, M7-M11, M13和Z單倍群, N支系下的 A, N9a 和 Y，以及R支系下的 B, F, R9, R11。單倍群C和D在東北亞非常多，在某些群體中所占比例超過50%，甚至能達(dá)80%以上。通過對單倍群C和D的樣本進(jìn)行全測序，發(fā)現(xiàn)C和D的祖先支系早在3-5萬年之前就已經(jīng)在東亞誕生，并且隨即進(jìn)入南西伯利亞，而大多數(shù)的北亞C和D支系都是在末次冰盛期之后才擴(kuò)張。雖然北亞的主流單倍群是C和D，而單倍群A也在某些群體中高頻分布，比如占到了楚克其人的73%。北亞的單倍群B的支系主要是B4和B5，這兩個(gè)支系分布在偏南的朝鮮和蒙古地區(qū)。mtDNA單倍群A在藏族中占到了相當(dāng)高的比例，平均能達(dá)到10%-14%，同時(shí)在門巴族（23.5%）和珞巴族（15%）中的頻率更高。單倍群D所占比例比A還要高，能達(dá)到10%-20%，在珞巴中甚至高達(dá)30%。單倍群C在西藏群體中也能占到5%左右。青藏高原藏族中的單倍群A、C、D極可能是由1-2萬年前從東亞北方向南進(jìn)入高原的人群帶入的。
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而在南方，壯侗和南島語系同時(shí)具有高頻率的M7，南亞語系的F單倍型頻率也比其它語系高出許多。壯侗群體中，頻率最高的單倍群是B4a, F1a, M7b1, B5a, M7b*, M*, R9a, R9b, 這些單倍群的頻率總和占到了約一半。苗瑤族群與壯侗族群相似，單倍群B5a, B4a, M*,M7b*, C, B4b1, M7b1, F1a, B4*, R9b也能占到一半，而南亞群體中，頻率較高的有F1a, M*, D*, F1b, N*, C, M7b*, M7b1, F1a1a, 前三種占到50.8%，與壯侗和苗瑤略有不同。單倍群B, M7, F, R的總頻率在臺灣原住民中能占到70%，在壯侗中也達(dá)到了66.4%，比苗瑤的58.9%和南亞的48.9%更高，而越往北的類群這一數(shù)值就越小，例如占漢族40.8%, 占藏緬族群的37.5%, 而僅占到阿爾泰族群的16.3%，由此可見，B, M7, F, R這四類單倍群是可以代表中國南方的特征單倍群。









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2018.12.28 新增功能：

1. 全新UI，更美觀、秀色可餐。。

2.（需要登錄）民.族統(tǒng)計(jì)，各民族的父系Y分布、母系mt分布、祖源分布。

3.（需要登錄）中國父系Y地域分布，按各省份、地市統(tǒng)計(jì)父系Y分布。

4.（需要登錄）中國母系mt地域分布，按各省份、地市統(tǒng)計(jì)母系mt分布。

5.（需要登錄）中國母系mt頂層單倍群組成。
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首先你需要：
1，參加微基因的“姓氏嗍源”
http://www.sofreetech.com/surname/result/
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2，參加微基因的“祖源相似性”
http://www.sofreetech.com/ancestry/similarity/details/
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這樣就可以在【基因助手】看到你的數(shù)據(jù)了！

1. 中國各省市的祖源成分（常染匹配），以中國地圖展現(xiàn)微基因支持的民族成分平均比例，比如中國北方和南方漢族和少數(shù)民族、國外民族在各省市的比例。
2. YFull全球?qū)崟r(shí)統(tǒng)計(jì)，以世界地圖展現(xiàn)YFull數(shù)據(jù)，與YFull同步更新，目前涵蓋約140個(gè)國家、14000個(gè)全球樣本。
3. 餅圖展示頂層Y單倍群，包括各頂層單倍群和下游單倍群的人數(shù)和比例，不管你是中國最多的O系，還是少數(shù)類型 C, D, N, Q, R, J, I, G...在這里都可以看到自己單倍群的人數(shù)和比例，以及此單倍群下的所有姓氏。
4. 樹形圖展示歐亞常見的Y單倍群及所有下游分支，每個(gè)Y單倍群的形成年代和共祖時(shí)間TMRCA（與YFull同步更新），比如Oα(O2a-F5)、Oβ(O2a-F46)、Oγ(O2a-F11)、C2南支北支、N南支北支、R1a-Z283（東歐常見類型）、R1a-Z93（印度-雅利安類型）、R1b-M73（中亞常見類型）、R1b-L51（西歐常見類型）、R1b-Z2103（高加索、土耳其、巴爾干常見類型）等。
5. 中外名人Y，提供了業(yè)界考古論證的中外歷史名人家族單倍群Y，可看到自己是不是這個(gè)名人家族的：）
6. 百家姓，按人數(shù)排行的姓氏列表，以及每個(gè)姓氏的Y單倍群構(gòu)成、姓氏起源，中英文分別引用百度姓氏和Wiki姓氏，目前已有700多個(gè)姓氏，包括中文姓氏、日文姓氏和英文姓氏，很多中文姓氏都是稀有姓氏，包括諸葛、司馬、慕容、令狐、公孫、愛新覺羅、孛兒只斤、葉赫、乃蠻、蔑兒乞等擁有悠久歷史的中華民族姓氏。看來很多朋友是來尋根問祖的哦，大家也可以看到英國小網(wǎng)紅“拂菻坊”@fulinfang 的姓氏和單倍群，他的Y單倍體是典型的西歐類型 R1b1a1a2a1?
7. 使用姓氏識別算法，對微基因用戶的原始姓氏數(shù)據(jù)進(jìn)行整理，智能識別中文、日文、英文姓氏、繁體字、復(fù)姓、少數(shù)民族常見姓氏，確保姓氏統(tǒng)計(jì)結(jié)果更精確。
8. 由于數(shù)據(jù)量較大，所以第一次訪問菜單中任何單倍群信息時(shí)，將在用戶瀏覽器里緩存數(shù)據(jù)，只要不刷新頁面，訪問菜單里其他單倍群信息都將從瀏覽器緩存里獲取數(shù)據(jù)，提高了訪問速度，如果想查看最新數(shù)據(jù)，只需要按F5刷新頁面重新獲取數(shù)據(jù)即可。

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以上所有數(shù)據(jù)信息，都與微基因同步實(shí)時(shí)更新，SNP引用最新版的ISOGG 2018.5數(shù)據(jù)，共祖時(shí)間TMRCA與YFull同步更新，微基因用戶點(diǎn)擊右上角LOGO登錄后，可看到自己賬號下的基因信息，包括父系Y和母系mt，祖源成分和同Y用戶的分布，可以私信聯(lián)系。
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感謝微基因的大力支持！如果需要更多功能，歡迎大家留言提建議給我。