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雙魚的CNTN5基因 綜合討論組

Gedmatch提示未檢出數量異常地高,錯配機率高?

剛出爐的數據上傳到Gedmatch獲得此提示:
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3595417507@chatroom_1471028375358_41.png

Number of SNPs utilized by GEDmatch template = 436895
Number of regular SNPs = 422547
Heterozygosity index = 0.27308621064558 (fraction of total SNPs that are heterozygous)

No-calls = 13966 = 3.1966490804427 percent.

This kit has an unusually high number of no-calls, which usually results in a larger number of false matches.
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Gedmatch提示未檢出數量異常地高,錯配機率高,請問這正常嗎~ 不是說有60萬個位點嗎?少了16萬個點~
2016-08-13 ? IP屬地廣州
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1 個回復

wang - 哈佛醫學院、德國馬普所分子人類學博士后
43萬指的是你的數據和Gedmatch的template模板數據重合的位點數目,WeGene的原始數據會被Gedmatch識別為23andme的V2版,并不是說WeGene給您檢測的位點只有43萬。打開您的原始數據的txt文件,看下有多少行就是WeGene這版芯片檢測了多少位點了,我的是596744個位點。

No call rate一般和DNA的質量有很大關系。No-calls = 13966 = 3.1966490804427 percent. 還好,說明您的數據沒有什么大問題,在ftDNA這個rate也會有不少是在3%左右,不會對后續分析有影響,請放心。
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