祖源分析是一個比較的過程，也就是拿樣本的數據和參考數據庫進行比較而得出樣本和那些參考人群有關。在不同的比較尺度下，祖源百分比會有不同的表述，比如和歐洲人相比，我們絕大多數人是100%的東亞人；當在東亞內部比較之時，又會有族群層面上的分類，比如藏緬、漢族、通古斯等，現在wegene基本是在東亞族群層次來劃分祖源的。
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