
如何閱讀gedmatch中的染色體涂染圖(Chromosome painting)?(ps:為什么2號染色體穩定出現疑似中東農夫片段)
@wang @lily 今天在操作gedmatch的時候,發現了chromosome painting這一選項,然后發現看不懂各個染色體上波峰波谷是什么意思。有大神知道如何閱讀這種圖嗎?
此外,我還發現,我的第2號染色體上下四分之一處有一段10M單位的片段,被各個計算器判定成西亞成分(或者類似的,反正不是主體成分),甚至比我的主體成分還堅挺。請問出現這種情況的原因是什么。歷史時期的混合?底層同源?還是單純的noise。應該不是計算器的問題。
大家都有這樣的現象嗎?
?
上面的計算器識別成West eurasia,還算正常
K23b把它識別成了Caucasian
K7b把這一段識別成west asian
K11把這段判定成新石器時代?
V3也把它識別成了西亞
ANEK7把它識別出了ENF(這是什么?)
-------------------------------------------------------------
我根據回復里的建議,跑了K36。結果如下:
看總體的結果也蠻正常的。
然鵝,2號染色體的那一小段仍然很堅挺,發誓和其他片段保持不一樣的隊形(#?Д?)。
這次把這一小段被判定成了Arabian+south asian?
再看2號染色體的放大版
50到60M單位處,有一段五顏六色的片段
再看分染色體比例表
2號染色體上有1.1%的basque
但是問題來了(╬ ̄皿 ̄)(╬ ̄皿 ̄)(╬ ̄皿 ̄)
沒記錯的話,basque是黃色的吧,但是2號染色體圖上沒有幾處是黃色的呀,所以這是怎么計算出來的。
更悲傷的是(;′д`)ゞ表上east balkan只在兩條染色體上被檢出(?),比例也不高,為什么總表上卻能顯示出0.5的east balkan,這是怎么計算出來的。為什么5號染色體上3.1%的Arabian在總表不出現,比例比他低的east balkan在總表上卻可以出現。
現在我已經對計算器的計算和圖像感到一頭霧水?
社區有大神能解釋一下這些現象嗎?
φ(>ω<*) φ(>ω<*) φ(>ω<*)
此外,我還發現,我的第2號染色體上下四分之一處有一段10M單位的片段,被各個計算器判定成西亞成分(或者類似的,反正不是主體成分),甚至比我的主體成分還堅挺。請問出現這種情況的原因是什么。歷史時期的混合?底層同源?還是單純的noise。應該不是計算器的問題。
大家都有這樣的現象嗎?
?
上面的計算器識別成West eurasia,還算正常
K23b把它識別成了Caucasian
K7b把這一段識別成west asian
K11把這段判定成新石器時代?
V3也把它識別成了西亞
ANEK7把它識別出了ENF(這是什么?)
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我根據回復里的建議,跑了K36。結果如下:
看總體的結果也蠻正常的。
然鵝,2號染色體的那一小段仍然很堅挺,發誓和其他片段保持不一樣的隊形(#?Д?)。
這次把這一小段被判定成了Arabian+south asian?
再看2號染色體的放大版
50到60M單位處,有一段五顏六色的片段
再看分染色體比例表
2號染色體上有1.1%的basque
但是問題來了(╬ ̄皿 ̄)(╬ ̄皿 ̄)(╬ ̄皿 ̄)
沒記錯的話,basque是黃色的吧,但是2號染色體圖上沒有幾處是黃色的呀,所以這是怎么計算出來的。
更悲傷的是(;′д`)ゞ表上east balkan只在兩條染色體上被檢出(?),比例也不高,為什么總表上卻能顯示出0.5的east balkan,這是怎么計算出來的。為什么5號染色體上3.1%的Arabian在總表不出現,比例比他低的east balkan在總表上卻可以出現。
現在我已經對計算器的計算和圖像感到一頭霧水?
社區有大神能解釋一下這些現象嗎?
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3 個回復
贊同來自: josephjang
不需要看這種染色體繪畫,直接看K36的計算結果吧,K36漢族幾乎很少有西歐亞成分,但西部地區漢族會有微量
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