
關(guān)于同一樣本不同檢測(cè)套餐結(jié)果不一致的反饋說(shuō)明
內(nèi)個(gè),首先感謝wegene贈(zèng)送了兩個(gè)套餐,一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)套餐,一個(gè)運(yùn)動(dòng)基因套餐。(唔。。。剛才去看了一下,發(fā)現(xiàn)運(yùn)動(dòng)套餐現(xiàn)在不賣(mài)了?)。由于當(dāng)時(shí)沒(méi)看清以為只送了一個(gè),所以?xún)蓚€(gè)套餐我都是用在了自己身上。不過(guò)也因此,發(fā)現(xiàn)兩次檢測(cè)的結(jié)果不一致:運(yùn)動(dòng)基因套餐里面的54個(gè)位點(diǎn),其中有3個(gè)與標(biāo)準(zhǔn)套餐不一致。
咳。。。其實(shí)呢,拿到數(shù)據(jù)之后,早就想好好看一下玩一下,一直懶,也就一直放著沒(méi)管。。。然后呢,今天不是推出個(gè)微健身的活動(dòng)嘛,填申請(qǐng)表的時(shí)候讓我選擇用哪個(gè)樣本數(shù)據(jù),一開(kāi)始想,反正都是我嘛,用哪個(gè)不一樣呢?然后想起來(lái),啊,好像還沒(méi)有比較過(guò)這兩次檢測(cè)結(jié)果是否一致呢。雖然覺(jué)得應(yīng)該沒(méi)什么問(wèn)題,但還是嚴(yán)謹(jǐn)一點(diǎn),先比較一下看看嘛。
藍(lán)而,這一比,還真發(fā)現(xiàn)不一致了:
上圖是運(yùn)動(dòng)基因套餐的概覽,下圖是標(biāo)準(zhǔn)套餐的運(yùn)動(dòng)基因概覽。其中有兩項(xiàng)得分不一致。
?
于是打開(kāi)細(xì)節(jié)頁(yè)面去看,發(fā)現(xiàn)運(yùn)動(dòng)積極性不一致的原因是rs8097348位點(diǎn)一個(gè)檢測(cè)結(jié)果是AG,一個(gè)是AA;而代謝效率不一致的原因是rs8192678位點(diǎn)一個(gè)是TT一個(gè)是TC。
唔。。。
于是又把兩次檢測(cè)的原始數(shù)據(jù)拿出來(lái),把53個(gè)共有位點(diǎn)都比對(duì)了一下(運(yùn)動(dòng)基因套餐有54個(gè)位點(diǎn),藍(lán)而其中rs28399444位點(diǎn)并沒(méi)有在標(biāo)準(zhǔn)套餐數(shù)據(jù)里面找到。另外,搜索snpedia,發(fā)現(xiàn)這個(gè)點(diǎn)ms沒(méi)有啥意義?http://www.snpedia.com/index.php/Rs28399444,解讀界面里面也沒(méi)有這個(gè)點(diǎn)的解釋。),嗯,發(fā)現(xiàn)有3個(gè)位點(diǎn)的結(jié)果都是不一致的:
chr pos 運(yùn)動(dòng)套餐 60W位點(diǎn)套餐
rs28399444 19 41354190 TT -
rs8097348 18 1595021 AG AA
rs8192678 4 23815662 TT TC
rs10485057 6 154413255 GA AA
其中位點(diǎn)rs10485057在解讀界面也沒(méi)有。。。
又一個(gè)沒(méi)解讀的位點(diǎn)?話(huà)說(shuō)不應(yīng)該 啊,芯片那么多位點(diǎn),多放幾個(gè)少放幾個(gè)沒(méi)啥影響,運(yùn)動(dòng)基因不是用質(zhì)譜做的嗎?質(zhì)譜每個(gè)位點(diǎn)都有成本的啊,不解讀的話(huà)測(cè)它干啥子哦。。。啊,不行還是抑制不住好奇心,于是把有解讀的位點(diǎn)都copy出來(lái)看一下。嗯,54個(gè)位點(diǎn)里面總共有28個(gè)位點(diǎn)是有解讀和參考文獻(xiàn)的。。。所以。。。那剩下的26個(gè)是干啥子的哦。。??瓷先ヒ膊幌袷莾?nèi)參位點(diǎn)啊。。。質(zhì)譜多做一個(gè)沒(méi)意義的位點(diǎn)好像要浪費(fèi)不少成本呢。。。
不過(guò)位點(diǎn)利用率倒是、蠻高的,好多位點(diǎn)都可以用于多個(gè)解釋?zhuān)?br />
?
嘛,所以,主要是兩個(gè)問(wèn)題:
一個(gè)是,這3個(gè)位點(diǎn)不一致是什么原因造成的?雖然說(shuō)不同技術(shù)檢測(cè),甚至不同人員不同時(shí)間檢測(cè)都可能有一些不一致,藍(lán)而3/53的不一致率,貌似還是有點(diǎn)過(guò)高了。希望能幫忙核查一下,看看樣本記錄是否有問(wèn)題(感覺(jué)應(yīng)該不是樣本弄混),如果下機(jī)數(shù)據(jù)還在的話(huà),看看下機(jī)數(shù)據(jù),堿基判定閾值是否模糊或者有什么情況。
另一個(gè)是,記得運(yùn)動(dòng)基因套餐當(dāng)時(shí)是說(shuō)按照《sport gene》這本書(shū)挑選的位點(diǎn),按理說(shuō)測(cè)的應(yīng)該都有比較好的解讀才對(duì),藍(lán)而眾多位點(diǎn)并沒(méi)有包括在解讀中。所以呢,作為一個(gè)有著強(qiáng)烈好奇心的產(chǎn)品經(jīng)理,對(duì)這個(gè)產(chǎn)品的開(kāi)發(fā)有那么一點(diǎn)點(diǎn)好奇,有沒(méi)有啥我不了解的原因?qū)е逻x了這些位點(diǎn),卻沒(méi)有進(jìn)行解讀呢?當(dāng)然,這個(gè)問(wèn)題也不那么重要啦。
?
作為wegene的免費(fèi)體驗(yàn)用戶(hù),一直受著wegene的饋贈(zèng),(還給我寄過(guò)一箱辣條,感動(dòng)的嘩嘩的),藍(lán)而懶,一直沒(méi)有好好的來(lái)體驗(yàn)這個(gè)產(chǎn)品也沒(méi)有提一些有用的建議。但其實(shí)還是一直很看好wegene,希望wegene能做的越來(lái)越好的。這次挑了一點(diǎn)bug,不是來(lái)踢館的,主要還是希望能幫wegene找到一些不足的地方,是不是堿基識(shí)讀還可以?xún)?yōu)化啦之類(lèi)的。有則改之,無(wú)則過(guò)來(lái)罵我一頓不懂瞎說(shuō)就行。
就是這樣。
愿wegene一統(tǒng)江湖。
咳。。。其實(shí)呢,拿到數(shù)據(jù)之后,早就想好好看一下玩一下,一直懶,也就一直放著沒(méi)管。。。然后呢,今天不是推出個(gè)微健身的活動(dòng)嘛,填申請(qǐng)表的時(shí)候讓我選擇用哪個(gè)樣本數(shù)據(jù),一開(kāi)始想,反正都是我嘛,用哪個(gè)不一樣呢?然后想起來(lái),啊,好像還沒(méi)有比較過(guò)這兩次檢測(cè)結(jié)果是否一致呢。雖然覺(jué)得應(yīng)該沒(méi)什么問(wèn)題,但還是嚴(yán)謹(jǐn)一點(diǎn),先比較一下看看嘛。
藍(lán)而,這一比,還真發(fā)現(xiàn)不一致了:
上圖是運(yùn)動(dòng)基因套餐的概覽,下圖是標(biāo)準(zhǔn)套餐的運(yùn)動(dòng)基因概覽。其中有兩項(xiàng)得分不一致。
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于是打開(kāi)細(xì)節(jié)頁(yè)面去看,發(fā)現(xiàn)運(yùn)動(dòng)積極性不一致的原因是rs8097348位點(diǎn)一個(gè)檢測(cè)結(jié)果是AG,一個(gè)是AA;而代謝效率不一致的原因是rs8192678位點(diǎn)一個(gè)是TT一個(gè)是TC。
唔。。。
于是又把兩次檢測(cè)的原始數(shù)據(jù)拿出來(lái),把53個(gè)共有位點(diǎn)都比對(duì)了一下(運(yùn)動(dòng)基因套餐有54個(gè)位點(diǎn),藍(lán)而其中rs28399444位點(diǎn)并沒(méi)有在標(biāo)準(zhǔn)套餐數(shù)據(jù)里面找到。另外,搜索snpedia,發(fā)現(xiàn)這個(gè)點(diǎn)ms沒(méi)有啥意義?http://www.snpedia.com/index.php/Rs28399444,解讀界面里面也沒(méi)有這個(gè)點(diǎn)的解釋。),嗯,發(fā)現(xiàn)有3個(gè)位點(diǎn)的結(jié)果都是不一致的:
chr pos 運(yùn)動(dòng)套餐 60W位點(diǎn)套餐
rs28399444 19 41354190 TT -
rs8097348 18 1595021 AG AA
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rs10485057 6 154413255 GA AA
其中位點(diǎn)rs10485057在解讀界面也沒(méi)有。。。
又一個(gè)沒(méi)解讀的位點(diǎn)?話(huà)說(shuō)不應(yīng)該 啊,芯片那么多位點(diǎn),多放幾個(gè)少放幾個(gè)沒(méi)啥影響,運(yùn)動(dòng)基因不是用質(zhì)譜做的嗎?質(zhì)譜每個(gè)位點(diǎn)都有成本的啊,不解讀的話(huà)測(cè)它干啥子哦。。。啊,不行還是抑制不住好奇心,于是把有解讀的位點(diǎn)都copy出來(lái)看一下。嗯,54個(gè)位點(diǎn)里面總共有28個(gè)位點(diǎn)是有解讀和參考文獻(xiàn)的。。。所以。。。那剩下的26個(gè)是干啥子的哦。。??瓷先ヒ膊幌袷莾?nèi)參位點(diǎn)啊。。。質(zhì)譜多做一個(gè)沒(méi)意義的位點(diǎn)好像要浪費(fèi)不少成本呢。。。
不過(guò)位點(diǎn)利用率倒是、蠻高的,好多位點(diǎn)都可以用于多個(gè)解釋?zhuān)?br />
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嘛,所以,主要是兩個(gè)問(wèn)題:
一個(gè)是,這3個(gè)位點(diǎn)不一致是什么原因造成的?雖然說(shuō)不同技術(shù)檢測(cè),甚至不同人員不同時(shí)間檢測(cè)都可能有一些不一致,藍(lán)而3/53的不一致率,貌似還是有點(diǎn)過(guò)高了。希望能幫忙核查一下,看看樣本記錄是否有問(wèn)題(感覺(jué)應(yīng)該不是樣本弄混),如果下機(jī)數(shù)據(jù)還在的話(huà),看看下機(jī)數(shù)據(jù),堿基判定閾值是否模糊或者有什么情況。
另一個(gè)是,記得運(yùn)動(dòng)基因套餐當(dāng)時(shí)是說(shuō)按照《sport gene》這本書(shū)挑選的位點(diǎn),按理說(shuō)測(cè)的應(yīng)該都有比較好的解讀才對(duì),藍(lán)而眾多位點(diǎn)并沒(méi)有包括在解讀中。所以呢,作為一個(gè)有著強(qiáng)烈好奇心的產(chǎn)品經(jīng)理,對(duì)這個(gè)產(chǎn)品的開(kāi)發(fā)有那么一點(diǎn)點(diǎn)好奇,有沒(méi)有啥我不了解的原因?qū)е逻x了這些位點(diǎn),卻沒(méi)有進(jìn)行解讀呢?當(dāng)然,這個(gè)問(wèn)題也不那么重要啦。
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作為wegene的免費(fèi)體驗(yàn)用戶(hù),一直受著wegene的饋贈(zèng),(還給我寄過(guò)一箱辣條,感動(dòng)的嘩嘩的),藍(lán)而懶,一直沒(méi)有好好的來(lái)體驗(yàn)這個(gè)產(chǎn)品也沒(méi)有提一些有用的建議。但其實(shí)還是一直很看好wegene,希望wegene能做的越來(lái)越好的。這次挑了一點(diǎn)bug,不是來(lái)踢館的,主要還是希望能幫wegene找到一些不足的地方,是不是堿基識(shí)讀還可以?xún)?yōu)化啦之類(lèi)的。有則改之,無(wú)則過(guò)來(lái)罵我一頓不懂瞎說(shuō)就行。
就是這樣。
愿wegene一統(tǒng)江湖。
3 個(gè)回復(fù)
可惜我現(xiàn)在才看到。
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測(cè)試有點(diǎn)小貴,才剛了解你們網(wǎng)站,不知道靠不靠譜…看了bbc那個(gè)鍛煉的紀(jì)錄片轉(zhuǎn)到這兒來(lái)的。
贊同來(lái)自:
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照我們的計(jì)劃,運(yùn)動(dòng)基因檢測(cè)并不提供原始數(shù)據(jù)下載的。不過(guò),運(yùn)維出了點(diǎn)紕漏,在過(guò)去的很長(zhǎng)時(shí)間里都開(kāi)放了運(yùn)動(dòng)基因檢測(cè)的原始數(shù)據(jù)下載,但好像只有LZ發(fā)現(xiàn)了~~~
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為什么有54個(gè)位點(diǎn):運(yùn)動(dòng)基因檢測(cè),加上減肥相關(guān)的解讀,涉及到30多個(gè)SNP。一個(gè)質(zhì)譜反應(yīng)一般是25~30個(gè)SNP,所以我們要做兩個(gè)反應(yīng),索性就增加到了50多個(gè)SNP。多出來(lái)的一些位點(diǎn)是跟心臟等有關(guān)的。
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rs28399444:這個(gè)位點(diǎn)已經(jīng)被dbsnp刪除了,所以芯片里面沒(méi)有了,詳見(jiàn):https://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/snp_ref.cgi?searchType=adhoc_search&type=rs&rs=rs28399444
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rs8097348:LZ的芯片數(shù)據(jù)最早交付的一批。早期芯片數(shù)據(jù)因?yàn)闃悠妨坎粔颍覀兊慕?jīng)驗(yàn)也不足,沒(méi)有根據(jù)官方建議的best practice做大規(guī)模樣品的質(zhì)控。根據(jù)現(xiàn)在SNP calling結(jié)果質(zhì)控,這個(gè)位點(diǎn)的探針表現(xiàn)不穩(wěn)定,我們還在持續(xù)監(jiān)控觀察。近期交付的raw data中暫時(shí)沒(méi)有交付這個(gè)位點(diǎn)的結(jié)果。
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rs8192678和rs10485057兩個(gè)位點(diǎn)的質(zhì)控表現(xiàn)正常。我們最近在藥明康德檢測(cè)的同一批樣品的30X WGS數(shù)據(jù),和我們自己的芯片結(jié)果比較來(lái)看,這兩個(gè)位點(diǎn)的質(zhì)控結(jié)果正常。這里的差異有可能是技術(shù)本身的差異,也有可能是早期SNP Calling流程的不足。我們會(huì)在未來(lái)的raw data更新中進(jìn)行優(yōu)化。
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謝謝LZ一直以來(lái)的支持!辣條會(huì)有的,fitbit手環(huán)可能也會(huì)有的,謝謝!
贊同來(lái)自: wang 、lily 、山勞之首
此外,你到的4個(gè)位點(diǎn):
rs28399444,因?yàn)閙apping/clustering的錯(cuò)誤,已經(jīng)從dbsnp里面刪除了,所以沒(méi)有再檢測(cè)(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/snp_ref.cgi?searchType=adhoc_search&type=rs&rs=rs28399444)?
rs8097348,質(zhì)控表現(xiàn)不穩(wěn)定,目前還在繼續(xù)監(jiān)控,暫時(shí)沒(méi)有向新用戶(hù)提供這個(gè)位點(diǎn)的結(jié)果,同時(shí)也沒(méi)有更新老用戶(hù)的數(shù)據(jù)。
rs8192678和rs10485057還不錯(cuò),在我們的標(biāo)準(zhǔn)樣品中的表現(xiàn)還是比較穩(wěn)定的。
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感謝對(duì)WeGene的支持,祝好!
贊同來(lái)自: 費(fèi)力科思 、wang 、山勞之首
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