xraywu 綜合討論組

大家可以把自己的原始數(shù)據(jù)上傳到GEDmatch和SNPedia進(jìn)行相應(yīng)的分析啦~

先簡(jiǎn)單介紹一下兩個(gè)網(wǎng)站——

GEDmatch.com?是一個(gè)利用基因組信息進(jìn)行家系及親緣分析的網(wǎng)站。用戶可以上傳自己的基因組數(shù)據(jù)，與其他用戶上傳的數(shù)據(jù)進(jìn)行比對(duì)，分析與他們的親緣遠(yuǎn)近及發(fā)現(xiàn)未知的家系關(guān)系。
SNPedia?是一個(gè)開(kāi)放的SNP位點(diǎn)維基百科。他們提供了一個(gè)叫做Promethease的服務(wù)。用戶可以上傳自己的基因組數(shù)據(jù)，SNPedia會(huì)根據(jù)他們已有的信息，分析用戶的基因特征，如疾病風(fēng)險(xiǎn)等。每次收費(fèi)五美元。

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現(xiàn)在，他們都已經(jīng)支持WeGene原始數(shù)據(jù)的導(dǎo)入啦！支持WeGene原始數(shù)據(jù)的導(dǎo)入啦！支持WeGene原始數(shù)據(jù)的導(dǎo)入啦！重要的事情說(shuō)三遍。下面我們就來(lái)看看如何使用——
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GEDmatch.com

首先在我們的網(wǎng)站上下載你的原始數(shù)據(jù)：頁(yè)面右上角點(diǎn)擊`設(shè)置`-> `隱私`?-> `基因數(shù)據(jù)下載`。輸入密碼后下載文件。
因?yàn)槟壳拔覀兲峁┑脑紨?shù)據(jù)是純文本格式的，而GEDmatch只支持壓縮文件，你需要先把下載后的數(shù)據(jù)文件壓縮成.zip格式。?
到?GEDmatch.com?注冊(cè)一個(gè)賬號(hào)。
在網(wǎng)站首頁(yè)右側(cè)`File Uploads`里選第二項(xiàng)`WeGene upload`。填寫(xiě)一下名字或昵稱，選擇相應(yīng)的性別并同意數(shù)據(jù)進(jìn)入公共數(shù)據(jù)庫(kù)。選擇相應(yīng)的文件并點(diǎn)擊`Upload`。
上傳開(kāi)始，因?yàn)樗俣容^慢，注意不要反復(fù)點(diǎn)擊按鈕。因?yàn)樗麄兎?wù)器在國(guó)外，如果跳到了頁(yè)面加載失敗的頁(yè)面再重試?？梢話霽PN后上傳。
上傳完成后，會(huì)轉(zhuǎn)到一個(gè)新頁(yè)面，不要關(guān)閉或刷新頁(yè)面，等待一段時(shí)間以后，頁(yè)面上會(huì)顯示一個(gè)標(biāo)紅的ID（如M000000）。這份數(shù)據(jù)就上傳完成啦?；氐绞醉?yè)，你會(huì)發(fā)現(xiàn)在左下角`Your DNA Resources`里出現(xiàn)了該ID。
隔一段時(shí)間以后（通常是數(shù)小時(shí)），可以點(diǎn)擊`Analyze Your Data`里的`One-to-many?matches`工具查詢你的數(shù)據(jù)與其他用戶數(shù)據(jù)的遠(yuǎn)近。在打開(kāi)的頁(yè)面里輸入你的數(shù)據(jù)ID，選擇要用常染色體還是X染色體數(shù)據(jù)分析，點(diǎn)擊`Display`即可看到結(jié)果。結(jié)果里會(huì)給出親緣關(guān)系較近的用戶，其中`Gen`一列顯示你和他們之間隔了大約幾代。

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SNPedia/Promethease

與GEDmatch一樣，下載你的原始數(shù)據(jù)，無(wú)需壓縮。
去到Promethease首頁(yè)，點(diǎn)擊其中的`Upload Raw Data`上傳文件（較慢，同樣建議VPN）。
上傳完成后，點(diǎn)擊`Purchase for $5`，輸入一個(gè)有效的郵箱地址，然后付錢，支持支付寶哦。
付費(fèi)完成后，數(shù)據(jù)就會(huì)開(kāi)始分析。等一段時(shí)間后，可以在郵箱收到報(bào)告到Promethease網(wǎng)站查看。也可以在網(wǎng)站上下載。數(shù)據(jù)在網(wǎng)站上保留45天。
報(bào)告上主要會(huì)根據(jù)上傳的基因組數(shù)據(jù)判斷你的健康風(fēng)險(xiǎn)。

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有興趣的同學(xué)們可以嘗試起來(lái)啦，有任何問(wèn)題歡迎報(bào)告~

2016-04-11 ? IP屬地加拿大

按熱門排序按默認(rèn)排序

45 個(gè)回復(fù)

有錢的4號(hào)染色體

GEDmatch無(wú)法注冊(cè)，無(wú)論有無(wú)填寫(xiě)內(nèi)容，每次網(wǎng)頁(yè)注冊(cè)都顯示的是"Go away1"

?sneer

- test

promethease不支持了？
WeGene is not supported
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魏家豪

- R1a-Y934-R-Y83905

為什么我上傳了Gedmatch是
(197) ERROR: File type = ZIP
File name must consist of a name, a dot, followed by GED
我看不懂英文

shawnch - 尋根！

SNPedia現(xiàn)在不支持wegene上傳了。試了兩次都一樣。

傻傻的TENM4基因

哪個(gè)準(zhǔn)呢

VVJY

好貼

Aeonni

Promethease 顯示?wegene not supported?(*ゝω?)

qqcoolj - O1a

gedmatch 沒(méi)有找到wegene upload選項(xiàng)，只有Generic Upload?FAST，現(xiàn)在還能上傳數(shù)據(jù)嗎，還是直接傳就可以。

波風(fēng)若川 - 你是輕輕掠過(guò)身體的風(fēng)…

現(xiàn)在要10美元了，SAD

果斷的DSCAM基因

SNPedia 不知道怎么整

Michellebian

好消息，現(xiàn)在SNPedia新年免費(fèi)！

威武的RORA基因

tszhrzkc

ERROR: File appears to be too large to be a Zipped file. If the file is unzipped, please zip the file before uploading. Halt.
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怎么肥四？

健忘的TLR4基因

還有一個(gè)

健忘的TLR4基因

麻煩大神看看，5.2代是陰性還是陽(yáng)性？
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王邵陽(yáng)

同問(wèn)，是上傳十幾兆核心數(shù)據(jù)還是兩百多兆的擴(kuò)展數(shù)據(jù)

小群子 - QueenKong

我和你一樣的狀況。。。

甘棠夭夭

您好，想請(qǐng)教一下，在GETmatch中，我用好壓將二百多txt文件壓縮到八十多兆，可上傳好幾遍都沒(méi)成功？如圖。求解?︿?謝謝您了！

rshi1973

請(qǐng)問(wèn)一下是上傳擴(kuò)展的全基因數(shù)據(jù)嗎？

鄭福鑫

根本沒(méi)有這個(gè)入口第一個(gè)網(wǎng)站沒(méi)有跟微基因?qū)拥?

kjlu426 - 愛(ài)學(xué)生物的基因貓

掙扎著上SNP，各種慢。。。

自信的TBX3基因

what does the P in SNPedia stand for?注冊(cè)時(shí)這個(gè)問(wèn)題怎么回答？

懵懂的ASTN2基因

SNPedia上說(shuō)，“WeGene?Chinese company with an East Asian population focus, but some data quality issues currently make it unreliable for use with Promethease.”
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是基因檢測(cè)數(shù)據(jù)有質(zhì)量問(wèn)題？
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來(lái)自頁(yè)面https://www.snpedia.com/index.php/Testing

超愛(ài)玩的驍

碼一個(gè)

賣萌的12號(hào)染色體

謝謝樓主，讓我學(xué)到了不少好玩的東西。我做完了，把我的結(jié)果整理了一下，在知乎上發(fā)了個(gè)帖子（知乎上傳圖片更方便）。https://www.zhihu.com/question/28689086/answer/157724705?group_id=840123380505124864。如果大神有興趣看看，看到我有什么分析的不對(duì)的地方，請(qǐng)幫忙指出來(lái)。

贊同來(lái)自: xraywu 、AMD_Yes 、甘棠夭夭、mali2002 、加里dna 、huaiyi 更多 ?

(6)

2017-04-25 ? IP屬地加拿大 ? 評(píng)論 (11)

lybabel

getmatch已經(jīng)上傳，snpdia的結(jié)果10分鐘就出來(lái)了，密密麻麻一大篇子，看的真累。只是想了解健康風(fēng)險(xiǎn)，不知道什么方式篩選比較好？是不是選好人種，frequency設(shè)高一點(diǎn)，magnitude從高到低排就好了？有些點(diǎn)位揭示的風(fēng)險(xiǎn)疾病，我聽(tīng)都沒(méi)聽(tīng)過(guò)啊。。。

橋豆瑪?shù)?/a>

- 陜西西安

(156)錯(cuò)誤:文件類型= ZIP
文件名稱必須包含一個(gè)名稱、一個(gè)點(diǎn),GED緊隨其后

wyfox

gedmatch網(wǎng)站分析完one to many了，然后怎么看呢？

熱烈的DSP基因

其實(shí)，親緣近代表什么呢？不知道原生家庭的人表示困惑。

xiaoyuvax - We are but codes

兩個(gè)網(wǎng)站都上傳了。還是SNPedia比較有趣。如果需要幫忙的朋友可以跟我聯(lián)系。但前提是你要授權(quán)我看你的數(shù)據(jù)。

natsumi - 999用戶

我的報(bào)告已經(jīng)出來(lái)幾天了，但是點(diǎn)擊下載原始數(shù)據(jù)的時(shí)候，提示“暫僅支持wegene格式的數(shù)據(jù)”，但我只有wegene的數(shù)據(jù)啊，下載不能？如果數(shù)據(jù)還沒(méi)準(zhǔn)備好，那么分析報(bào)告怎么來(lái)的，暈。