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雙魚(yú)的CNTN5基因 綜合討論組

Gedmatch提示未檢出數(shù)量異常地高,錯(cuò)配機(jī)率高?

剛出爐的數(shù)據(jù)上傳到Gedmatch獲得此提示:
?
3595417507@chatroom_1471028375358_41.png

Number of SNPs utilized by GEDmatch template = 436895
Number of regular SNPs = 422547
Heterozygosity index = 0.27308621064558 (fraction of total SNPs that are heterozygous)

No-calls = 13966 = 3.1966490804427 percent.

This kit has an unusually high number of no-calls, which usually results in a larger number of false matches.
?
Gedmatch提示未檢出數(shù)量異常地高,錯(cuò)配機(jī)率高,請(qǐng)問(wèn)這正常嗎~ 不是說(shuō)有60萬(wàn)個(gè)位點(diǎn)嗎?少了16萬(wàn)個(gè)點(diǎn)~
2016-08-13 ? IP屬地廣州
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wang - 哈佛醫(yī)學(xué)院、德國(guó)馬普所分子人類(lèi)學(xué)博士后
43萬(wàn)指的是你的數(shù)據(jù)和Gedmatch的template模板數(shù)據(jù)重合的位點(diǎn)數(shù)目,WeGene的原始數(shù)據(jù)會(huì)被Gedmatch識(shí)別為23andme的V2版,并不是說(shuō)WeGene給您檢測(cè)的位點(diǎn)只有43萬(wàn)。打開(kāi)您的原始數(shù)據(jù)的txt文件,看下有多少行就是WeGene這版芯片檢測(cè)了多少位點(diǎn)了,我的是596744個(gè)位點(diǎn)。

No call rate一般和DNA的質(zhì)量有很大關(guān)系。No-calls = 13966 = 3.1966490804427 percent. 還好,說(shuō)明您的數(shù)據(jù)沒(méi)有什么大問(wèn)題,在ftDNA這個(gè)rate也會(huì)有不少是在3%左右,不會(huì)對(duì)后續(xù)分析有影響,請(qǐng)放心。
?

要回復(fù)問(wèn)題請(qǐng)先登錄注冊(cè)

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