
如何閱讀gedmatch中的染色體涂染圖(Chromosome painting)?(ps:為什么2號染色體穩(wěn)定出現(xiàn)疑似中東農(nóng)夫片段)
@wang @lily 今天在操作gedmatch的時候,發(fā)現(xiàn)了chromosome painting這一選項,然后發(fā)現(xiàn)看不懂各個染色體上波峰波谷是什么意思。有大神知道如何閱讀這種圖嗎?
此外,我還發(fā)現(xiàn),我的第2號染色體上下四分之一處有一段10M單位的片段,被各個計算器判定成西亞成分(或者類似的,反正不是主體成分),甚至比我的主體成分還堅挺。請問出現(xiàn)這種情況的原因是什么。歷史時期的混合?底層同源?還是單純的noise。應(yīng)該不是計算器的問題。
大家都有這樣的現(xiàn)象嗎?
?
上面的計算器識別成West eurasia,還算正常
K23b把它識別成了Caucasian
K7b把這一段識別成west asian
K11把這段判定成新石器時代?
V3也把它識別成了西亞
ANEK7把它識別出了ENF(這是什么?)
-------------------------------------------------------------
我根據(jù)回復(fù)里的建議,跑了K36。結(jié)果如下:
看總體的結(jié)果也蠻正常的。
然鵝,2號染色體的那一小段仍然很堅挺,發(fā)誓和其他片段保持不一樣的隊形(#?Д?)。
這次把這一小段被判定成了Arabian+south asian?
再看2號染色體的放大版
50到60M單位處,有一段五顏六色的片段
再看分染色體比例表
2號染色體上有1.1%的basque
但是問題來了(╬ ̄皿 ̄)(╬ ̄皿 ̄)(╬ ̄皿 ̄)
沒記錯的話,basque是黃色的吧,但是2號染色體圖上沒有幾處是黃色的呀,所以這是怎么計算出來的。
更悲傷的是(;′д`)ゞ表上east balkan只在兩條染色體上被檢出(?),比例也不高,為什么總表上卻能顯示出0.5的east balkan,這是怎么計算出來的。為什么5號染色體上3.1%的Arabian在總表不出現(xiàn),比例比他低的east balkan在總表上卻可以出現(xiàn)。
現(xiàn)在我已經(jīng)對計算器的計算和圖像感到一頭霧水?
社區(qū)有大神能解釋一下這些現(xiàn)象嗎?
φ(>ω<*) φ(>ω<*) φ(>ω<*)
此外,我還發(fā)現(xiàn),我的第2號染色體上下四分之一處有一段10M單位的片段,被各個計算器判定成西亞成分(或者類似的,反正不是主體成分),甚至比我的主體成分還堅挺。請問出現(xiàn)這種情況的原因是什么。歷史時期的混合?底層同源?還是單純的noise。應(yīng)該不是計算器的問題。
大家都有這樣的現(xiàn)象嗎?
?
上面的計算器識別成West eurasia,還算正常
K23b把它識別成了Caucasian
K7b把這一段識別成west asian
K11把這段判定成新石器時代?
V3也把它識別成了西亞
ANEK7把它識別出了ENF(這是什么?)
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我根據(jù)回復(fù)里的建議,跑了K36。結(jié)果如下:
看總體的結(jié)果也蠻正常的。
然鵝,2號染色體的那一小段仍然很堅挺,發(fā)誓和其他片段保持不一樣的隊形(#?Д?)。
這次把這一小段被判定成了Arabian+south asian?
再看2號染色體的放大版
50到60M單位處,有一段五顏六色的片段
再看分染色體比例表
2號染色體上有1.1%的basque
但是問題來了(╬ ̄皿 ̄)(╬ ̄皿 ̄)(╬ ̄皿 ̄)
沒記錯的話,basque是黃色的吧,但是2號染色體圖上沒有幾處是黃色的呀,所以這是怎么計算出來的。
更悲傷的是(;′д`)ゞ表上east balkan只在兩條染色體上被檢出(?),比例也不高,為什么總表上卻能顯示出0.5的east balkan,這是怎么計算出來的。為什么5號染色體上3.1%的Arabian在總表不出現(xiàn),比例比他低的east balkan在總表上卻可以出現(xiàn)。
現(xiàn)在我已經(jīng)對計算器的計算和圖像感到一頭霧水?
社區(qū)有大神能解釋一下這些現(xiàn)象嗎?
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3 個回復(fù)
不需要看這種染色體繪畫,直接看K36的計算結(jié)果吧,K36漢族幾乎很少有西歐亞成分,但西部地區(qū)漢族會有微量
贊同來自: josephjang
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